Molecule Sink：反应过程中清除指定产物

本文以甲烷燃烧为例，燃烧过程中不断生成CO₂和H₂O，设定不断抽走产物中的水和二氧化碳，版本要求AMS2020.101，使用ReaxFF模块完成，其他模块例如机器学习势、DFTB、基于BAND模块则属于AIMD，除了Main的参数设置不同，其他设置完全一致。当然，用户如果指定在3万步的时候，去掉所有O₂，也是可以的，程序并不区分谁是反应物谁是产物。

设置，参考：【入门基础教程】燃烧：甲烷燃烧过程模拟、基元反应分析、反应速率常数计算、键级。不过这里我们不设置变温，而是设为恒温4300K，免得等不到生成CO₂、H₂O的反应发生:

增加参数设置：Model > Molecule Sink，设置抽走分子：

参数含义：

• Formula，指抽走分子的分子式，用户输入后，保存任务时，软件会自动调整为标准格式。如果填*则表示所有分子，可以结合Sink box或Safe box使用
• Sink box：进入Sink box的分子（只要有一个原子进入该区域）即执行清理，6个数字是区域的分数坐标，分别代表A$_{min}$、A$_{max}$、B$_{min}$、B$_{max}$、C$_{min}$、C$_{max}$，其中A、B、C是Cell的三个轴，数值为分数坐标。
• Safe box：类似Sink box，指凡是进入该区域的分子（只要有一个原子进入该区域），就不允许清理
• Frequency，指每多少步清理一次，每次将该分子全部清理掉，或符合Safe box、Sink box的设置进行清理。注意，清理与否，判定条件就是是检查当前是否符合清理条件，例如一个分子进入了Sink box，但是在清理执行时，它出去了，它就不会被清理
• Start step，指从第多少步开始清理
• Stop step，指第多少步以后不再清理，如果不设置，抽取过程将持续到模拟结束
• 以上几个条件，可以根据需求，选择性地填入。

因此上面的设置是Cell上部10%区域，从10000步开始，每隔1000步清理一次进入该区域的一切分子（块体、二维表面算一个分子），从20000万步起，每隔1000步全域清理一次H2O。

SCM > Movie > MD Properties > Molecules:

可以看到虽然我们已经模拟了40000步，只有2个H₂O分子，但是从数量曲线来看，出现了H₂O之后，很快就消失了。而对照相同模拟条件，但没有设置Molecule Sink的模拟结果来看，在相同的模拟时长内，生成了大量H₂O。

因此这实际上表示，我们设置的Molecule Sink成功的实现了抽走特定产物的功能。

在AMSinput中的键级，未经计算，因此其键级是图形窗口根据简单的价电子规则而猜测出来的。在Movie中是经过计算的，因此鼠标选中两个原子，窗口左下角则会显示两个原子之间的键级。