分子动力学中固定键长、键角的Shake用法

Shake是指对某类键长、键角进行限制的一个设置，例如：

表示：

1. 限定所有C-C单键键长固定为1.39
2. 限定所有N-C单键的键长为起始键长

其他格式：

• bonds O C to 1.20，表示固定所有C、O键的键长为1.20埃
• bonds O C，表示固定所有C、O键长为起始键长
• bonds O *，星号表示通配符，即所有元素与O元素之间的键长固定为起始值
• triangles C * N，表示固定所有C*N键角为起始值，其中*为任意元素。

注意限定条件个数不要超过2条。

该字段为MolecularDynamics的子字段。

    Shake
        All bonds H O 0.98
    End

这需要修改脚本。例如设置了Region_1这个区域，在*.run文件中，将每个属于该区域的原子都改名，例如水分子体系改名如下：

        H 6.636151 6.099147 0.511888 
        O.Region_1 0.228186 2.515961 -2.933517 region=Region_1
        H.Region_1 0.583925 2.459548 -2.028715 region=Region_1
        H.Region_1 0.9637289999999999 2.201952 -3.48919 region=Region_1
        O -8.424706 6.517799 2.470352 
        H -8.737085 6.644096 1.556641 
        H -7.556942 6.959731 2.479262 
        O.Region_1 4.264532 2.737051 -4.931473 region=Region_1
        H.Region_1 3.565251 2.370591 -4.361286 region=Region_1
        H.Region_1 4.97663 2.960972 -4.306034 region=Region_1
        O 8.702114999999999 6.352923 -8.072948 

即，在原先的元素符号后面加.Region_1。当然如果Region是其他名字，此处缀加的内容，随之而变即可。

然后shake部分的关键词改为：

    Shake
        All bonds H.Region_1 O.Region_1
    End

如此，将冻结Region_1区域内的O-H键长。