基于RSMD的Reaction Boost方法的使用

效果图:

Cu on/in Ag(110):表面扩散 → 体扩散

AT 碱基对在水中的解离

版本要求:AMS2024.101以上。

Reaction Boost方法用于在分子动力学过程中将一个体系逐步转变为另一个体系。详细的教程参考:Targeted MD:强制反应,本文基于该教程,并着重介绍其中的RSMD方法,以及Region的用法。

两个例子的*.run文件下载,下载后解压,AMSinput → File → Open选择其中一个*.run文件则可以将参数读入到图形窗口中。有可能提示仔细检查核对是否正确。

例子体系1:Cu原子在Ag(110)上/内的扩散

对应的输入文件是:ReactionBoostSurfaceRMSD.run,该示例使用 EMT 计算器加载ASE (原子模拟环境)引擎。

例子体系2:AT碱基对在水中解离

对应的输入文件是:ReactionBoostATDissociation.run,该示例使用 GAFF 力场加载ForceField引擎,包括自动原子类型识别。

Model → MD… → Reaction Boost,您可以看到Reaction Boost仅作用于包含两个 AT 分子的AT区域。

当你在两个输入结构之间切换视图时,你可以看到水分子处于完全不同的位置。然而,水分子没有受到任何限制,所以它们在目标结构中的位置并不重要。

您还可以看到 Pre equilibration steps 设置为5000。这意味着 MD 模拟的前 5000 步不受任何限制地运行,Reaction Boost仅从第 5000 步开始。