基于RSMD的Reaction Boost方法的使用

效果图：

Cu on/in Ag(110):表面扩散 → 体扩散

AT 碱基对在水中的解离

版本要求：AMS2024.101以上。

Reaction Boost方法用于在分子动力学过程中将一个体系逐步转变为另一个体系。详细的教程参考：Targeted MD：强制反应，本文基于该教程，并着重介绍其中的RSMD方法，以及Region的用法。

两个例子的*.run文件下载，下载后解压，AMSinput → File → Open选择其中一个*.run文件则可以将参数读入到图形窗口中。有可能提示仔细检查核对是否正确。

对应的输入文件是：ReactionBoostSurfaceRMSD.run，该示例使用 EMT 计算器加载ASE （原子模拟环境）引擎。

对应的输入文件是：ReactionBoostATDissociation.run，该示例使用 GAFF 力场加载ForceField引擎，包括自动原子类型识别。

Model → MD… → Reaction Boost，您可以看到Reaction Boost仅作用于包含两个 AT 分子的AT区域。

当你在两个输入结构之间切换视图时，你可以看到水分子处于完全不同的位置。然而，水分子没有受到任何限制，所以它们在目标结构中的位置并不重要。

您还可以看到 Pre equilibration steps 设置为5000。这意味着 MD 模拟的前 5000 步不受任何限制地运行，Reaction Boost仅从第 5000 步开始。