分子动力学的重启restart

本功能适合于AMS2023及以后的版本。

注意两种重启的模式，所调用的轨迹文件不同。如果选择错误，作业会报错。

Model - MD - Restart from，这里选择任务生成的*.results/ams.rkf（如果直接复制之前最后一帧的结构到Input窗口，则此处可以不设置restart，只读取最后一帧的速度即可），如果起始速度也要沿用之前作业的原子速度大小方向，可以在Initial velocity中设置From File并选择相同的*.results/ams.rkf:

修改步数，另存一个任务计算。

注意：

1. 第一个作业如果已经完成的步数设置为10万，第二个作业也设置为10万的话，就没有意义了，程序会选择直接结束，因为已经有10万步了。所以如果要接着算，应该设置比已经完成步数更大的步数，例如20万，log文件中显示的步数信息也是从10万作为第0帧的信息。
2. 该设置适合所有模块的分子动力学模拟。
3. 如果是在集群，无法使用图形窗口的情况，在本地保存好作业，将*.run、*.results/ams.rkf上传到集群，更正*.run中*.results/ams.rkf文件的具体路径，提交作业即可。

如果用户需要提交到服务器计算，往往需要修改重启所依靠的原先作业ams.rkf文件，则需要修改*.run文件中的文件路径，改为服务器上，这个ams.rkf文件的具体路径（如果服务器没有这个文件，则需要上传这个文件）。在*.run文件中的体现：在*.run文件中，如下几行

    Restart dep-ams.rkf
    InitialVelocities
        Type FromFile
        File dep-ams.rkf
    End

把dep-ams.rkf替换成具体的ams.rkf文件与路径就可以了。例如：

    Restart /home/uderid/task/test.results/ams.rkf
    InitialVelocities
        Type FromFile
        File /home/uderid/task/test.results/ams.rkf
    End

Model - Restart，读取*.results/MDstep*.rkf，其中*为之前任务的Step数，默认每隔1000步存一次重启点。因此可以从1000步的整数倍开始重启。这种方式重启，无法读取速度。如果是在集群，无法使用图形窗口的情况，在本地保存好作业，将*.run、*.results/MDstep*.rkf上传到集群，更正*.run中*.results/MDstep*.rkf文件的具体路径，提交作业即可。

如果需要修改*.run文件，则类似如上的位置修改即可。

参考：如何合并两次分子动力学轨迹

合并之后的轨迹，可以用ChemTraYzer2进行分析。