新的分子动力学反应加速算法REMD

用法：AMS的ADF via AMS、BAND、DFTB、MOPAC常规的分子动力学模拟任务生成的*.run文件中，在MolecularDynamics字段内部加入ReplicaExchange字段，例如：

MolecularDynamics
...
...
    ReplicaExchange
      AllowWrongResults False
      EWMALength 10
      SwapFrequency 100
      TemperatureFactors R1 R2 R3 ...
      Temperatures T2 T3 T4 ...
      nReplicas 4
    END
...
...
END

其中，

• AllowWrongResults：REMD算法中，存在多个副本运算，当副本合并产生物理上某些不正确的结果时，允许与其他性质合并。若无此条关键词，则该值取默认值Faulse
• EWMALength：Length of the exponentially weighted moving average used to smooth swap probabilities for monitoring. This value is equal to the inverse of the EWMA mixing factor.默认值为10
• SwapFrequency：交换数据的频率，默认值100步交换一次
• TemperatureFactors：这是两个连续副本的温度比值。第一值设置第二副本相对于第一副本的温度，第二值设置第三副本相对于第二副本的温度，以此类推。如果值个数比nReplicas小，则将最后一个值用于后面所有副本之间温度比。该设置与Temperatures，二者只能使用其中一个。
• Temperatures：列出除了第一副本外，其他副本的温度。该设置与TemperatureFactors 二者只能使用其中一个。
• nReplicas：副本个数。注意动力学计算我们本身会设置一个温度，Temperatures或TemperatureFactors会设置N个副本，因此nReplicas实际上是N+1
• 该方法适用于除ReaxFF外，所有分子动力学，包括BAND、DFTB、MOPAC、ReaxAMS模块
• 并行核数需要大于或等于nReplicas