用python统计ReaxFF轨迹中的分子个数、键、氢键、环的数目变化
注意这个脚本的兼容性不是太好，对于一些特殊的模型，有可能分析不出来。
1，统计化学键
Python脚本右键另存下载并解压 版本建议 AMS2024.101以上的版本，否则有可能报错。
运行方式：
- AMSjobs窗口中，进入该作业所在文件夹 → Help → Command-line → 打开命令行窗口输入sh回车（如果是Linux，本身就有命令行，直接打开命令行即可）
- 该脚本下载到某作业所在文件夹，与作业的*.resutls/同级
- 在命令行输入：amspython MoleculesTable-nPlots.py test.results/ams.rkf回车。稍后将产生分子数列表窗口，可以关闭：
- 然后会弹出化学键数窗口，也可以关闭：
- 将生成：molecule_analysis.txt、molecule_analysis.pdf、bond_analysis.txt、bond_analysis.pdf四个文件。其中*.pdf文件是图，*.txt文件是曲线对应的数据，其中第一列为“帧”数，其他列为具体数据。
该脚本默认统计单、双、三键，如果需要统计芳香键，则修改脚本中：
round_type = 'integer' # round bond orders to nearest integer #round_type = 'half_integer' # round bond orders to nearest half integer
为
#round_type = 'integer' # round bond orders to nearest integer round_type = 'half_integer' # round bond orders to nearest half integer
注意
- 如果体系比较大，模拟的帧数很多，那么分析过程也会很长，有可能如下类似如下提示：
这个提示可以忽略。 - 如果数据量很大，那么在一张图里面体现所有的分子数量、键的数量，就不太可能了。可以修改脚本中nplots = 的值更大，这样将会在多张图中显示这些曲线，这个值即图的数量。
- 最终会分别生成分子数量的*.txt文件与化学键数量的*.txt文件，用户也可以从这两个文件中的数据，自行作图。
2，增加环、氢键统计功能
该脚本适用于2023.104以后版本，在原先脚本功能的基础上增加了对环与氢键的统计。脚本右键另存下载并解压。
ams.rkf文件可以是旧的，但是分析的时候，软件必须是最新的，因为python分析的时候，调用了一个库，2023.104及其之前的版本里面没有。
注意：环的统计功能，并未深度开发、测试，因此很可能会工作失败。
开关：
switch = {'Mol_analysis':True,'Bond_analysis':True,'Ring_analysis':True,'Hb_analysis':True}
Ture表示开关打开，False表示关闭：第一个开关是分子数变化，第二个是键数变化，第三个即环数变化，第四个为氢键数变化。可以酌情关闭一些，注意修改脚本要么在专业python编辑器里面，要么在记事本里面关闭输入法后修改字符（这种方式非常容易出现格式问题）。
氢键的种类需要自己定义一下：
donor_list = ['O'] acceptor_list = ['O'] d_hb_cutoff = 3.0 ang_hb_cutoff = 150.0
其中氢键表示为“D-H–A”，donor_list为“D”元素，acceptor_list为A元素，如果存在多种D、A可以在[]中列出，用逗号隔开，例如['O','N']。
运行过程中出现“No artists with labels found to put in legend. Note that artists whose label start with an underscore are ignored when legend() is called with no argument.”不用管它。