分子动力学：ReaxFF & 机器学习势

• AMS-ReaxFF包含哪些力场
• ReaxFF在线英文手册
• ReaxFF2002版原始英文手册
• 用ParAMS优化、训练ReaxFF力场
• 用ParAMS训练机器学习势

• ReaxFF常见问题及解决方式[目录]
• ReaxFF模拟的生成文件
• ReaxFF力场参数的含义是什么？
• 没有相应力场怎么办？
• ReaxFF模拟的一些经验（更新中，欢迎贡献知识）

功能教程

• 【入门基础教程】晶体与表面计算的一些基础知识
• 【入门基础教程】NVT、NPT、NVE系综的设置
• 【入门基础教程】分子动力学模拟准备：弛豫
• 势能面扫描
• 分子动力学中固定键长、键角的Shake用法
• 【入门基础教程】燃烧：甲烷燃烧过程模拟、基元反应分析、反应速率常数计算、键级
• Molecule Sink：反应过程中清除指定产物
• ReaxFF-Molecule Gun：模拟Ge(001)上的氧化铝薄膜CVD形成
• ReaxFF-Molecule Gun：模拟电子入射
• NEB：搜索过渡态
• 聚合反应交联率：聚合反应的模拟与交联率的计算
• GCMC：巨正则系综蒙特卡洛模拟
• RDF：分析径向分布函数
• 通过径向函数描述扩散均匀程度
• 温度分区：对不同分区设置不同温度
• 温度分布函数：计算沿着Cell某个轴向的温度分布函数
• 热导率方法1：T-NEMD方法结合温度分布
• 热导率方法2：T-NEMD方法结合传热功率统计
• 通过速度自相关函数或均方位移MSD，得到分析分子、原子的扩散系数
• 非周期性自由能的计算
• 表面吸附：模拟吸附过程、统计吸附产物
• eReaxFF-锂离子电池中碳酸乙烯酯（EC）分解的模拟
• 粘度：通过自相关函数与Green-Kubo公式计算粘度
• ReaxFF-弹性墙壁：添加外电场、弹性墙壁
• 应力张量的计算
• 在一定应力下的结构优化
• 库埃特流动(Couette flow)的分子动力学模拟
• 流动的分子动力学模拟
• AMS基于分子动力学计算摩擦系数
• AMS软件图像处理：线性回归拟合曲线斜率
• 切割过程/恒定速度冲击过程模拟：对特定区域原子施加速度/力/加速度
• 分子动力学模拟拉伸过程应力-应变曲线、断裂点
• 分子动力学的Replay：采用其他计算引擎、力场，复现轨迹、对比能量
• 重力场下的分子动力学
• 气液界面的模拟
• ReaxFF：禁止 MD 过程中的反应发生

反应加速

• REMD：加速分子动力学模拟中反应发生
• Bond Boost：加速分子动力学模拟中新键形成
• fbMC：加速分子动力学模拟中反应发生
• CVHD：加速分子动力学模拟中的裂解反应发生
• 纳米球形反应器：加速低温均相反应
• Targeted MD：强制反应

案例

• 聚合物杨氏模量、屈服点、泊松比计算
• 使用ReaxFF中巨正则蒙特卡洛（GCMC）方法模拟锂硫电池锂化放电过程的电压特性
• 使用ReaxFF中巨正则蒙特卡洛（GCMC）方法模拟锂硫电池锂化放电过程的电压特性(视频)
• Li-S中Li离子的扩散系数：MSD法、VACF法，以及结合尔伦尼乌斯公式将扩散系数外推到低温
• 使用分子动力学计算离子电导率
• 热固性聚合物的玻璃化转变温度
• 热固性聚合物的热膨胀系数
• ReaxFF模拟煤的热解
• 基于ReaxFF的团簇的生长模拟
• AMS软件：自动探索表面吸附位点
• AMS软件：自动探索表面化学反应机理案例-氧化物表面的水离解
• AMS软件：根据反应物、产物的分子结构，筛选反应通道
• 基于 GCMC 预测吸附等温线：CO$_2$ 在 IRMOF-1 中的吸附

建模

• 【入门基础教程】创建固体表面，并均匀加入其它气体、液体分子
• 【入门基础教程】创建均匀混合物
• 【入门基础教程】创建高密度大分子固体、分子动力学压缩与拉伸
• 【入门基础教程】更美观的晶胞显示方式

Python

• 用python统计ReaxFF轨迹中的分子个数、键、氢键、环的数目变化

键级

• AMSInput与Movie中的键级区别