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势能面扫描

势能面扫描,是AMS驱动的,各个模块使用起来,除了各个方法本身的参数(也就是Main窗口的设置)之外,其他参数设置是一样的。因此其他模块的PES使用,也可以参考本教程。

一、简单的势能面扫描

参数设置

简单的势能面扫描,任务类型选择PES Scan,并选择合适的力场:

选中要扫描的键长或键角、二面角。注意,对键角、二面角,选择原子需要按顺序选择,例如对键角而言,第二个被选中的原子是角的顶点。然后右侧选择distance(键长)或angle(键角)、dihedral(二面角)前面的加号,然后设置扫描范围:

SC-1表示第一个扫描条件,设置该扫描条件,扫描的点数为10。如果有多个扫描条件,也可以类似设置:

保存并运行任务。

结果查看

SCM - Movie即可看到能量变化曲线,不过是三条曲线(能量、梯度、梯度均值),Graph - Delete graph删除曲线,然后Graph - Energy,即可只显示能量变化曲线:

二、多维的势能面扫描

参数设置

与单个条件类似设置,例如:

分别设置多个扫描条件,以及扫描的点的个数:

结果查看

SCM - Movie,右下角可以看到二维势能面:

例如本例,xy轴分别为两个扫描条件,总共扫描了10*10=100个点,z轴为能量的大小,用曲面显示能量大小,同时用颜色表达能量的大小。

键级

在AMSinput中的键级,未经计算,因此其键级是图形窗口根据简单的价电子规则而猜测出来的。在Movie中是经过计算的,因此鼠标选中两个原子,窗口左下角则会显示两个原子之间的键级。