计算部分原子频率

这里我们以二维材料表面吸附结构为例，只计算吸附相关的原子的频率。对于三维、一维体系，完全类似。

频率的计算，是通过计算该构型下，能量对每个原子的二阶导数得到。很多人想象中，希望固定一些原子，使其不动，只计算一部分原子的振动，这只是一种错误、肤浅的感性的认知。

振动谱的计算，实际上并不计算运动状态，而是计算静止状态的力常数，因此根本谈不上什么“固定某些原子”，所有原子都是固定的！关心哪些原子的振动情况，就只计算这些原子的力常数（即，能量二阶梯度）。

如果不理解为什么如此，应学习相关弹性力学知识。

模型下载

将需要计算频率的原子，创建为一个Region：

注意，参数的设置，参考：【入门基础教程】单点计算与BAND的基本参数设置、计算效率。

SCM - Spetra可以看到各个波数不为0的振动模式，都是关于指定原子的。