这并不是一个错误，因此不要想“如何解决这个问题”！
该自洽迭代结果出现了不符合aufbau规则的电子占据方式，也就是电子占据方式，出现了HOMO以下有空轨道。对大多数体系，不会得到这样的结果，但是对于过渡金属体系，出现这种占据未必就是错的。需要用户自己对电子占据的理解较为深刻，自行判断电子应该如何占据。
例如在EDA-NOCV化学键分析（配位键）：配合物的EDA-NOCV分析（Science 2018）这篇文章中，中心金属原子这个片段的计算，就有这个提示，即与配体结合时，其电子态并不是该原子的基态，因此HOMO以下存在空轨道。
如果有机配体也出现了这个问题，那么要考虑当前的自旋极化是否正确。