软件版本为AMS2019.3及之前的版本,AMS2020以后的版本请参考链接:以蒽为例计算Nucleus Independent Chemical Shifts(NICS)衡量环芳香性
将优化好的结构导入ADFinput,并依次设置参数如下图所示:
在希望计算NICS的位置上,添加Ghost原子,也即元素周期表中右下角的Xx原子
在Properties—NMR菜单中将Ghost原子Xx选中,点击下图所示的“+”:
取消对称性:
参考:正式版的安装、维护与升级
3,结果查看:
在生成的logfile文件末尾我们可以看到我们需要计算的这个点的NMR屏蔽量(即Gh(1)):
<Dec06-2019> <23:40:07> NMR Shielding ADF-GUI atom P(1): 162.70 ppm <Dec06-2019> <23:40:07> >>>> ZSGP <Dec06-2019> <23:40:07> >>>> ZSGD <Dec06-2019> <23:40:08> NMR Shielding ADF-GUI atom F(2): 175.97 ppm <Dec06-2019> <23:40:08> >>>> ZSGP <Dec06-2019> <23:40:08> >>>> ZSGD <Dec06-2019> <23:40:08> NMR Shielding ADF-GUI atom F(3): 175.99 ppm <Dec06-2019> <23:40:08> >>>> ZSGP <Dec06-2019> <23:40:08> >>>> ZSGD <Dec06-2019> <23:40:09> NMR Shielding ADF-GUI atom F(4): 175.97 ppm <Dec06-2019> <23:40:09> >>>> ZSGP <Dec06-2019> <23:40:09> >>>> ZSGD <Dec06-2019> <23:40:09> NMR Shielding Gh(1): 0.84 ppm
在out文件的末尾也可以看到类似更详细的内容,包括顺磁、逆磁、总和:
**** G H O S T : Gh(1) COORDINATES (ANGSTROMS) ------------------------------------- 1.5271 -0.3214 -0.0960 Internal NMR numbering of atoms: Gh(5) === PARAMAGNETIC ISOTROPIC NMR SHIELDINGS (ppm) paramagnetic b^(1) = 0.000 paramagnetic u^(1) = -29.814 paramagnetic s^(1) = 20.010 paramagnetic gauge = 8.049 ------------------------------------------ total paramagnetic = -1.756 ------------------------------------------ === DIAMAGNETIC ISOTROPIC NMR SHIELDINGS (ppm) diamagnetic core = 0.000 diamagnetic valence = 2.596 ------------------------------------------ total diamagnetic = 2.596 ------------------------------------------ === TOTAL ISOTROPIC NMR SHIELDING (ppm) ------------------------------------------ total isotropic shielding = 0.840 ------------------------------------------
Ghost可以被看作是一个中子,因此该点的NICS的值为该点的屏蔽张量中的各向同性值(也就是logfile中该点的NMR Shielding值)乘以-1。
AMS提供免费试用,试用申请方式参考:AMS免费试用**