纳米球形反应器：加速低温均相反应

该功能在AMS2023中首次发布，主要工作原理：创建一个球形反应容器，通过周期性的膨胀、收缩，增大分子间的碰撞概率，从而促进反应事件的发生。该功能适用于基于ADF、BAND、DFTB、MOPAC、ReaxFF、机器学习势等所有力场的分子动力学。这里选用最常用的ReaxFF-MD来演示其用法与含义，通过这个例子也可以看到这种方法非常有效、普适性强（可能唯独不适用于固体表面，但对这种情况，也可以通过纳米颗粒代替表面）。

该功能需要关闭周期性，因此如果基于DFT，则ADF是一个很好的选择。建模思想：创建一个大的常规均匀混合物体系，例如Cell边长为140埃，坐标原点在Cell的中心，从坐标原点为中心，选中一个指定半径远小于Cell边长一半的球（例如本例62埃），然后删除球外分子。以这个球为原始模型进行膨胀弛豫、迅速收缩。

创建普通混合物体系，

并显示坐标轴(View → Axes)，且修改Periodicity为None。然后在坐标原点处(原点附近也可，不需要精确)，添加一个Xx原子，并选中该Xx原子：

菜单栏Select → Select within Radius，输入62回车，此时选中了半径为62埃的一个球形体积内的原子。按Ctrl m键，相关的分子被选中，这是为了让球边缘的分子整个分子都被选中。然后Select → Invert Selcection反选，然后del键删除这些原子，从而只保留了球形空间内的分子。如此模型就创建好了（实际上有部分原子在62埃半径之外，但一般不影响效果）。

注意这是一个没有周期性的体系，因此只能设置温度，不能设置压强：

1. 动力学过程详解：整个分子动力学过程将循环执行如下两个过程。其中，过程1持续时间为1.8万步，隐形球壳的半径为62埃，原子可以穿过球壳出去，但受到一个约束力，因此并不能跑太远，这个力一般很小，例如0.000001。1.8万步后（充分扩散、蓬松），开始过程2：隐形球壳迅速收缩，将所有原子往半径为40埃的球空间内驱赶，驱赶力一般比较大，例如0.001，并保持这种驱赶力2000步。2000步后，隐形空间扩大到62埃，原子可以自由扩散……如此循环。
2. 数值设置详解：
   1. 扩撒过程一般较慢，所以大体积这个Reactor的liftime会设置的非常长，让分子充分扩散开，半径差值（此处为62-40=22埃）越大，需要的lifetime越长，基本上正比关系，当然用户可以根据需要略微加长（这里已经非常短了，刚好够扩撒均匀）。力常数则与半径成反比。
   2. 快速收缩的这个Reactor，本例中，力常数略微偏大，如果这个力常数太大，有可能会导致分子碰撞太剧烈，使得过程太过于脱离现实，甚至将大分子扯断，因此用户可以将力常数减半。那么半径差值（此处为62-40=22埃）越大，这个收缩步骤Reactor的lifetime也就需要越长，否则收缩还没有完成，就又该放开了。但本例中2000略短了，建议用户调整到5000-10000。收缩力常数一般较大，但不能太大，本例中0.001略偏大，建议调整到0.0002。
3. 总的思路与原则：通过不断的收缩膨胀，能够促进碰撞。但是收缩的力不能太大，导致收缩速度过快，从而失真；收缩的尺寸不能太小，导致密度过大；膨胀的时间要足够长，使得体系充分“蓬松化”。
4. Reactor的个数：这里只设置了2个，动力学过程循环执行这2个反应器。用户也可以灵活运行，例如设置5个Reactor，半径从62到40逐渐过渡，当然力常数也逐渐从0.000001过渡到0.001。如此动力学过程将依次执行这5个Reactor，并循环。

保存作业，并提交运行。

通过动画，我们可以非常清楚地看到这个方法的效果：

我们看看反应产物H₂O的情况：

作为对比，我们在完全相同的条件下，去掉纳米反应器，进行标准分子动力学模拟，会发现几乎没有什么反应，连1个H₂O都没有生产。从原理上来讲，纳米反应器相当于一个微观搅拌系统，增大了分子间的碰撞几率，同时让中间产物扩散的更均匀，从而能够非常有效地促进反应。