ReaxFF-Molecule Gun：模拟分子的入射、冲击、化学沉积

创建被撞击表面，以及分子或团簇，参考：

• 【入门基础教程】创建固体表面，并均匀加入其它气体、液体分子
• 建模：创建球形团簇）

Molecule Gun功能可以设置这种分子或团簇的入射频率、时间范围，因此只加入一个样本即可。

这里我们模拟一个铝团簇撞击铝膜（因此样本分子只入射1个即可），将需要入射的分子或团簇粘贴到该窗口（粘贴的时候，会提示是否覆盖该体系的晶格常数，选择No），移动到合适的高度、位置。并选择力场：

选中铝团簇，并将其设置为一个region，分区操作如果不清楚，可以参考：如何创建分区。这里我们为这个团簇的region取名为cluster。

分子动力学基本参数设置，设置总步数、步长、sample frequency（保存轨迹的频率）

点击Thermostat后面的>按钮，设置NVT系综：（NPT系综，设置Barostat即可，但需要在上一步设置步数步长窗口设置initial temperature）

其中

• Thermostat是实现NVT系综的算法，这里我们选择NHC
• damping constant是MD过程中，初始阶段温度剧烈震荡的时间长度，例如这里设置为5fs，那么前面5fs振荡会较为剧烈
• 其他默认即可

然后设置分子枪的参数：

• System，选择前面创建的分区名字，本例中选择Cluster
• Frequency，入射分子或团簇的频率，也就是每隔多少step入射一次，本例研究冲击，因此只入射一次即可，所以入射频率设置为十万步，比总步数大即可
• start step，从哪一步开始入射
• stop step，从多少步以后，不再入射
• coords sigma，针对多次入射的情况，设定随机入射坐标的范围，以Gaussian分布
• Coords box，设定一个盒子，指定入射坐标范围，入射分子起始位置在盒中随机分布。格式：Xmin,Xmax,Ymin,Ymax,Zmin,Zmax
• 以上如果二者均没有设置，则入射位置为分子/团簇的当前位置
• rotate，入射时是否转动
• velocity direction，通过两个原子，指定入射方向。选中两个原子，然后点＋即可。方向为：第一个原子朝第二个原子的方向
• 后面的参数，根据用户需要进行指定，例如指定速度，或者指定入射能量、入射温度等，选则其中一种即可，本例选择入射速度

在Movie中可以查看动画过程，并在该窗口进行数据、曲线的分析

在AMSinput中的键级，未经计算，因此其键级是图形窗口根据简单的价电子规则而猜测出来的。在Movie中是经过计算的，因此鼠标选中两个原子，窗口左下角则会显示两个原子之间的键级。

本例中，如果铝团簇换为另一个二维材料，也是可以的，但要注意Cell必须一致。 入射成分，可以是任意分子、团簇、多种组分。