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分子动力学的Replay:采用其他计算引擎、力场,复现轨迹、对比能量

版本要求AMS2024以上,这里以机器学习势M3GNet来Replay DFTB的分子动力学轨迹为例进行演示。实际上AMS中任何2个可以进行MD模拟的模块,均可如此进行对比。

DFTB分子动力学结果

DFTB分子动力学计算参考:

计算完毕后,SCM → Movie:

机器学习势Replay

参数设置

注意,左侧窗口的模型不是必须的,因为模型会从前面的分子动力学轨迹提取。 选择机器学习势M3GNet-Up-2022。点击Replay后面的>按钮: Restart from选择前面DFTB作业的ams.rkf文件。

保存作业并运行。

结果对比

选中两个作业,SCM - Movie:

每个曲线,可以通过菜单栏Graph → Save xy保存xy值为两列数据,然后导入Excel中可以进行对比。

注意

如果我们是将两次训练机器学习势或ReaxFF的Replay与原始DFT对比,要注意能量只是相对的一个量,因此只有相对值有意义,对比的时候,可以将第一个点的能量,统一平移到0。这样对比起来大概是这样的效果:

曲线的起点都是0,蓝色曲线是标准DFTB的MD能量曲线,橙色是第一次训练的机器学习势,黄色是第二次训练的机器学习势。