使用QMMM进行结构优化,logfile和movie里面,都不会显示MM区域的原子坐标。如果希望导出某一帧,重新优化怎么办呢?
在out文件中,实际上有整个体系(QM分区+MM分区)结构优化每一步的原子坐标,搜索关键词Optimized QMMM geometry即可看到。例如下例中,两个水分子,一个是QM(前三个原子),一个是MM(后三个原子):
Optimized QMMM geometry Atomic QMMM coordinates Id At UniqID X (angs) Y (angs) Z (angs) ------------------------------------------------------------------------------------------------------ 1 O 1 QM 0.000000 0.000000 -2.273444 2 H 2 QM 0.814174 0.000000 -2.842878 3 H 3 QM -0.814174 0.000000 -2.842878 4 O 4 MM -2.160322 -0.035174 -0.165944 5 H 5 MM -2.363109 0.825843 -0.512372 6 H 6 MM -2.826106 -0.603051 -0.535675 ------------------------------------------------------------------------------------------------------ Number of elements of the density matrix on this node (used, total): 52 91