如何生成键连接关系？

可使用python脚本(下载解压后使用)。脚本内容如下：

#!/usr/bin/env amspython
from scm.plams import *
 
def main():
    rkf = 'D:/ADF_DATA/Task/tes.results/ams.rkf'
    trajectory = Trajectory(rkf)
    for i, mol in enumerate(trajectory, 1):
        print(f"frame {i}")
        print(mol)
        if i == 10:
            break
 
    print("Extracting specific molecule")
    job = AMSJob.load_external(rkf)
    mol = job.results.get_history_molecule(67)
    print("Frame 67")
    print(mol)
 
if __name__ == '__main__':
    main()

1. 自行修改ams.rkf文件的路径
2. 该脚本打印1~10帧、第67帧的键连接关系，用户需自行修改相关数字
3. 注意路径中斜杠的方向
4. 在命令行，ams环境变量生效的情况下(如果是在Windows系统，运行AMS202*.*\ams_command_line.bat，输入sh回车)，然后运行amspython getbonds.py > bond.txt回车即可输出

格式类似如下：

Frame 67
  Atoms:
    1         O       1.908476       8.810413      -6.653047
    2         H       2.106662       7.954617      -6.974343
    3         H       1.232036       9.136536      -7.258801
    4         O       9.522390      -7.589808       0.525555
    5         H      -9.842508      -7.432060      -0.260436
    6         H      10.049396      -7.189823       1.199989
    7         O      -6.144137      -9.116302      -5.367006
    8         H      -6.761021      -8.384682      -5.540695
    9         H      -6.852141      -9.705420      -4.975267
   10         O      -5.670043       5.852205       2.681984
   11         H      -4.767790       5.816332       2.282185
   12         H      -6.031881       6.774200       2.770605
   13         O      -0.376795      -1.178371      10.154385

……

  297         H      -9.523604      -8.657806      -4.717627
  298         O      -8.354747       2.038060      -5.816646
  299         H      -7.418100       2.243509      -5.584667
  300         H      -8.711936       2.331389      -4.949967
  Bonds:
   (1)--0.9--(2)
   (1)--0.9--(3)
   (4)--0.8--(5)
   (4)--0.9--(6)
   (7)--0.9--(8)
   (7)--0.8--(9)
   (10)--0.9--(11)
   (10)--0.9--(12)
   
……

   (292)--0.9--(293)
   (292)--0.9--(294)
   (295)--0.9--(296)
   (295)--0.9--(297)
   (298)--0.9--(299)
   (298)--0.9--(300)
  Lattice:
       20.0000000000     0.0000000000     0.0000000000
        0.0000000000    20.0000000000     0.0000000000
        0.0000000000     0.0000000000    20.0000000000

其中Frame 67表示第67帧