流动的分子动力学模拟

本例以ReaxFF为例，也适用于机器学习势与普通力场、AIMD、DFTB-MD等，软件版本为AMS2024。弛豫过程的模拟，参考：【入门基础教程】分子动力学模拟准备：弛豫，这里略过不再详述。体系采用最简单的水，用户具体更换为自己的体系即可，也可以采用固体板-液体-固体板的模型，具体可以参考：库埃特流动(Couette flow)的分子动力学模拟，如果固体板对反应的研究没有影响，不建议将模型复杂化。

基本分子动力学参数设置与一般分子动力学模拟没有什么差别（常规分子动力学参数设置，参考：【入门基础教程】燃烧：甲烷燃烧过程模拟、基元反应分析、反应速率常数计算、键级），不过因为我们要设置流动方向，所以 View → Axes 勾选显示了坐标轴：

如果用户采用了固体板-液体-固体板的模型，则需要为液体分子创建一个region（如果不熟悉如何创建region，请阅读教程：如何创建分区），在设置流速的时候需要用到。本例中所有水分子都要流动，因此可以不用设置region。

Model → MD… → NEMD velocities and Forces该界面可以对指定region设置速度，或承受的外力。点击Apply velocity前的+，并设置：

这里设置流速为x轴方向，速度为0.01Å/fs，换算成宏观速度是1米/秒。region选择了All，即所有原子都要流动。如果是固体板-液体-固体板模型，这里需要选择液体对应的region。

注意：流速如果特别快，务必交给Time Step，确保能捕捉到MD的较细腻的原子运动轨迹。

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SCM → Movie：

至于体系是否反应，反应机理是否合理，则完全取决于所采用的方法、力场。