Builder中填充分子报错：原因、特征、解决

错误原因

往一个盒子里面，随机填充分子，并不是随便填充都能装进去。10埃的立方盒子装得下100万水分子吗？

在Builder界面中，有一个Distance参数，默认值为2.5埃，可修改。

该值的含义是：填充后，分子之间的最小间距不能小于2.5埃。如果填充分子太多，或者分子太大、盒子不够大，那填充失败就是必然！

错误特征

报错类似如下： 

If you want that the packing procedure continuesfor a longer time, add the following keywordto the input file:
nloop lintegerl
(ex: nloop 2001
The default nloop walue is 50 for each molecule.
#######################################
TERMINATION WITHOUT PERFECT PACKING:The output file:
packmol.xyz
contains the best solution found
Very likely, if the input data was correctlt is a reasonable starting configuratlon.Check commentaries above for more #######################################
Packmol failed to generate proper result file.script to run packmol saved in F:/sclTlF/wu/.packmol269153cmd

错误解决

  1. 注意考虑控制填充分子的个数、尺寸，盒子是否装得下？
  2. 如果要创建大分子高密度体系，应该采用大盒子填充，然后压缩到高密度，而不是一开始就用小盒子直接填充过量大分子！参考：【入门基础教程】创建高密度大分子固体、分子动力学压缩与拉伸