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多尺度模拟:QMMM激发态计算

关键词:QMMM计算、多尺度计算 版本需求AMS2020.101以上。

多尺度计算仍然使用Hybrid模块,多尺度包括QMMM,而不止QMMM,允许各种计算引擎任意组合,如果调用了ADF模块,则ADF模块原先能够计算的性质,在多尺度模式下,仍然可用,因此紫外可见吸收、红外、旋轨耦合矩阵等等也是可以计算的。

以下以QMMM为例。

参数设置

首先进入Hybrid模块,然后将体系合理分区,例如这里分为两个分区,一个使用QM计算,另一个分区使用MM计算:

Method选择QMMM则只能使用ADF+力场,进行QMMM计算,如果选择Energy Terms则可以进行更灵活的多尺度计算。QMMM的设置非常简单,如上图设置,并分别为QM、MM分区选择计算引擎之后,底部出现ADF、力场的详细参数设置,用户可以点击底部的两个计算引擎,分别设置各自的详细参数。

本例中,计算紫外可见吸收光谱,因此在ADF中设置:

基本的泛函、电荷(QM区域的电荷)、基组等设置

设置紫外可见吸收光谱计算的参数设置

MM区域的力场设置,UFF力场不需要设置其他内容

如果用户选择的是Amber、Tripos等力场,则还需要在Model - Atom Details中设置ForceField Charge以及ForceField Type

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结果查看

Out - Response Properties - All SINGLET-SINGLET excitation energies,和普通的紫外可见吸收谱一样,可以看到吸收峰、振子强度f、辐射跃迁寿命tau:

 All SINGLET-SINGLET excitation energies 

 no.     E/a.u.        E/eV      f           tau/s        Symmetry
 ------------------------------------------------------------------
   1:     0.27573      7.50287   0.1020E-01   0.4015E-07  A           
   2:     0.30525      8.30635   0.1322E-01   0.2527E-07  A           
   3:     0.31871      8.67265   0.6773E-01   0.4524E-08  A           
   4:     0.31956      8.69575   0.1551E-01   0.1965E-07  A           
   5:     0.32192      8.75997   0.5306E-01   0.5660E-08  A           
   6:     0.34820      9.47510   0.1077E-01   0.2383E-07  A           
   7:     0.35640      9.69810   0.9664E-02   0.2535E-07  A           
   8:     0.35686      9.71072   0.5712E-01   0.4278E-08  A           
   9:     0.36004      9.79729   0.1148       0.2092E-08  A           
  10:     0.36343      9.88953   0.3845E-01   0.6128E-08  A           

 tau: electric dipole radiative lifetime (in seconds)

往前翻,可以看到跃迁偶极矩:

 Transition dipole moments mu (x,y,z) in a.u.
 (weak excitations are not printed)

 no.  E/eV          f                       mu (x,y,z)
 ------------------------------------------------------------------
   1  7.5029     0.10196E-01  0.76473E-01  0.22248      0.10925E-01
   2  8.3064     0.13219E-01  0.16730     -0.19015     -0.28486E-01
   3  8.6727     0.67733E-01  0.54802      0.10994      0.79783E-01
   4  8.6957     0.15514E-01 -0.20400      0.17378     -0.31635E-01
   5  8.7600     0.53061E-01 -0.35242      0.33536     -0.10283    
   6  9.4751     0.10771E-01  0.60218E-01 -0.97139E-01  0.18258    
   7  9.6981     0.96640E-02 -0.54684E-01 -0.19370      0.12735E-01
   8  9.7107     0.57125E-01  0.13704      0.40603     -0.23763    
   9  9.7973     0.11477      0.87874E-01 -0.34441     -0.59315    
  10  9.8895     0.38450E-01  0.25102     -0.13605      0.277

以及各激发态的构成权重(weight):

 Major MO -> MO transitions for the above excitations   
                                                        
    Excitation  Occupied to virtual  Contribution       

     Nr.          orbitals           weight        contributions to     
                                     (sum=1) transition dipole moment   
                                              x       y       z       


     1:  13a       ->  14a          0.9481  0.0707  0.3278  0.0148
     1:  13a       ->  15a          0.0465 -0.0029 -0.0455 -0.0129
     1:  13a       ->  17a          0.0019  0.0237 -0.0160  0.0054
     1:  13a       ->  24a          0.0003 -0.0001 -0.0002  0.0011
     1:  13a       ->  21a          0.0002 -0.0023  0.0002 -0.0006
     1:  12a       ->  14a          0.0002 -0.0021 -0.0038 -0.0003
     1:   9a       ->  15a          0.0002  0.0023  0.0016  0.0029
     1:  11a       ->  15a          0.0002 -0.0001 -0.0030 -0.0022
     1:  12a       ->  15a          0.0002  0.0005 -0.0023  0.0031
     1:  10a       ->  15a          0.0002  0.0068  0.0000 -0.0010
     1:  13a       ->  16a          0.0001 -0.0068  0.0000 -0.0011

例如13a跃迁到14a占94.81%。

SCM - Spectra - File - Open,选择*.results/hybrid-term2-ADF.rkf文件即可查看紫外可见吸收谱。

不过需要注意修改一下Width,该值默认有时候是负值,导致显示峰宽不正常。

激发态相关的其他计算,例如SOCME也是类似,具体可以结合SOCME教程:TDDFT计算S→T与T→S跃迁、自旋-轨道耦合矩阵元SOCMEs、辐射跃迁速率常数,基态频率计算、激发态频率计算,也都可以结合相关ADF模块的教程与本教程,完成计算。