如何生成特定分子在z轴上的分布情况

本功能基于AMS2021，及其以上的版本。

可以使用后处理脚本（下载后解压）。该脚本可以得到每个Z值下，观察到该分子的个数，对时间的均值。因此，建议得到一个稳定的结果之后，从该结构出发，在相同条件下，做一定时间长度的MD，然后使用该脚本处理，这样的均值才有意义。

使用方法：

1. 将该脚本放入$AMSHOME/scripting/standalone/reaxff-ams/中（当然也可以放入其他地方都可以，执行命令行的时候，输入路径即可）
2. 打开ams_command_line.bat，输入sh。
3. 然后通过简单的cd命令，进入作业所在的目录中，执行如下命令：

$ amspython $AMSHOME/scripting/standalone/reaxff-ams/get_molecules_plams.py --rkf *.results --molecules LiO2 Li2CO3

其中：

• *替换为任务的名字；
• –molecules后面输入的是要作分布图的分子，这里关心LiO2分子和Li2CO3分子
• 生成的结果是一个文本文件histogram.txt，包含几列数据，第一列是z值，后面几列是分子个数对时间的均值，可以用Excel导入数据，然后作图
• z值范围是该分子出现过的z值的最大值到最小值，该范围外的z值，该分子未曾在此出现