AIMD教程

ADF2016.102版增加了基于DFT的分子动力学模拟功能。ADF模块、BAND模块、DFTB模块等包含这个功能（目前正在不断完善中，有兴趣的用户可以尝试使用）：

• ADF模块的DFT分子动力学模拟没有周期性
• BAND模块DFT分子动力学模拟有周期性，并且是数值基组＋原子轨道基组，计算量跟基组和电子数有关，跟真空区域关系不大，增加真空，基本不增加计算量，本例数值精度设置为basic，1个k点，5*5*5立方埃，1000步在普通台式机上大约几个小时完成
• DFTB模块的分子动力学较早版本就有，但DFTB方法本身分子动力学模拟，具有一定局限性（具体可与ams@fermitech.com.cn讨论）

ADF模块的DFT分子动力学模拟和BAND很类似，可以参考本案例。

参数设置（基组、泛函等，参考【入门基础教程】单点计算与BAND的基本参数设置、计算效率，DFT分子动力学模拟，比一般的结构优化计算设置的精度要低一个等级）：

k空间设置为最低精度-basic。用户也可以点击后面的…符号，手工指定k点个数，例如2 2 2

MD模拟，一般容易出现远离平衡结构的一些构型，从而导致SCF难以收敛，因此需要降低收敛条件：

这里设置了电子温度为0.2eV，因此电子能级出现偶然简并的情况，也能够正确收敛。注意电子温度与实际温度，在定义上导致了二者没有直接关系。Criterion是SCF收敛标准，虽然这个值会自动根据Numerical Quality以及体系的大小自动调整，但我们还是可以人为的增大这个值，降低收敛的标准，例如0.00005，体系越大，这个值也可以设置的越大。这两个值设置的越大，SCF收敛越快，MD也就越快，也会降低精度。

Model > MD设置分子动力学参数，Number of steps是模拟的步数，步长一般0.25fs是比较合适的，所以这个例子里面模拟了2.5ps。Sample Frequency：10是指每10步保存一次原子运动轨迹。

点击Thermostat后面的>按钮，设置NVT系综（如果同时设置Barostat，则为NPT系综），Initial Temperature如果不设置，则使用第一个系综的温度。

只需要设置系综实现的方案Thermostat、Temperature、Damping constant。其中Damping constant表示震荡时间（在达到指定温度前，温度随机震荡），一般默认设置100fs，也可以降低为5fs，对结果影响不大。

恒温：温度如果只设置了一个，则不需要设置Duration(s)，整个模拟过程都是该温度

包含保温过程：总之，Duration(s)的数字个数比温度的数字个数少1个。如上图所示的设置，表示：起始温度298K，经历3000步升温到1300K，然后保温3000步，然后经历3000步升温到4300K，然后保温20000步，然后经历3000步降温到298K，298K直到结束。

在Thermostat设置的基础上增加Barostat的设置，压强的设置方式类似温度。

保存run文件并直接运行任务，参考：正式版的安装、维护与升级

轨迹保存在*results/ams.rkf文件中。SCM → Movie可以打开动画，自动读取该文件。

如果使用AMS2024及其以上版本，在Movie → MD Properties → ChemTraYzer2中，可以分析MD过程中产生的基元反应数量、种类、反应速率常数，并分析各种物质作为反应物、产物的真实性。具体参考：https://www.fermitech.com.cn/ams/reaxff2022-chemtrayzer-2/