如何进行无周期性约束的DFT分子动力学模拟

软件版本为AMS2019.3及之前的版本，AMS2020以后的版本请参考链接：无周期性约束的DFT分子动力学模拟：分子数量变化曲线、自动单步反应分析

此处以简单案例进行说明：

说明：

• 使用的是ADF via AMS模块
• 这里的体系是没有周期性边界的，周围是无限大真空
• 任务类型Task选择为Molecular Dynamics，点击后面的>符号，可以对Molecular Dynamics的详细参数进行设置，其他>类似
• 泛函选择计算量较小、精度较高的泛函，因此可以选择GGA，这里选择了GGA：BP86
• 基组可以选择DZ基组，对分子动力学而言已经可以了，这里选择了精度更高的DZP基组
• 其他参数默认即可

说明：

• Number of Steps，设定分子动力学的步数，乘以步长time step，得到总的模拟时长
• Sample Frequency，设定轨迹文件的采样频率，这里设置为5，表示每5步，记录一次轨迹，这是为了快速看到动画，所以设置的很小，真正的实际模拟，设置为50就可以了
• 如果系综是NVT系综，则点击Thermostat后面的>符号，进行详细设置（例如本例中）；如果是NPT系综则点击Barostat后面的>符号，进行详细设置。NPT系综，对DFT-MD一般不太常用，因为原子个数太少，对压强的控制很难实现
• 如果要实现温度变化，参考controlt

只需要设置系综实现的方案Thermostat、Temperature（与前面的温度一致）、Damping constant。其中Damping constant表示震荡时间（在达到指定温度前，温度随机震荡），一般默认设置100fs，也可以降低为10fs，对结果影响不大。

设置与NVT类似。