从已知单体平面结构,创建二维周期性结构

例如单体结构如下(1,2,3,4原子为悬挂键将与近邻单体连接),并根据三个点确定一个面的原则,选中平面上三个原子,Edit - Align - With XY-Plane,使得分子在XY平面上:

首先,通过复制、粘贴、拖动、Bonds-Add bond,在该单体周围重复这个单体,直到能看出周期性:

选中两个相邻单体中等价的原子,测量二维晶格的晶格常数a

a=1440.1 pm = 14.4 Å

b=1449.4 pm = 14.5 Å

ab之间夹角59.6°或180°- 59.6°,其中一个值是对的。

新开一个Input窗口,切换到BAND模块,Edit - Crystal - From Space Group,输入如下数据:

将Input右侧Main - Periodicity改为Slab,将单体复制粘贴进来,建模即完成,得到:

点击右下角的按钮,切换为显示3*3个周期(注意,这只是显示模式的区别,实际上模型、原子数,是一样的):

确实是正确的,没有出现原子重叠的情况。如果单元与单元之间连接方式不正确,可以适当转动最小重复单元即可。之后使用DFTB、MOPAC进行结构优化即可,当然晶格常数也需要优化: