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Bond Boost:加速分子动力学模拟中新键形成

在本教程中,我们将展示如何使用Bond Boost加速方法,驱动非催化“环氧化物-胺”的聚合反应,以生成高度交联的环氧聚合物结构:

注意:Bond Boost的某些设置,有可能导致无法还原出实际反应机理(详见下文对Bond Boost机理的解释)。

版本要求AMS2020.101及其以上。(分子结构下载)

本文以ReaxFF分子动力学为例说明,但实际上也适合BAND、Mopac、DFTB、机器学习势的分子动力学。Bond Boost方法非常适合于加速反应中的新键形成。

模型

创建混合物模型:

这里为了清晰的看到加速过程,只添加了2个BisF分子,1个DETDA分子。

Bond Boost机理:为了用Bond Boost加速反应,用户需要定义若干对原子距离,根据这些距离,Bond Boost算法外力对这些“原子对”施加拉力或者推力,促使键形成或断裂。在此期间,反应可能发生,也可能不会发生,仍然具有热力学随机性。 具体推力、拉力何时作用?我们可以在下面的参数设置中看到。

对于当前的反应,“原子对”的距离是指N原子与环氧基末端C原子之间的距离,以及环氧基O原子与胺基中最接近的H原子之间的距离:

定义Bond Boost

本文中,我们会定义出4种原子,将这四类原子,设定为4个Region

创建CT、AllN等4个Region

这里有一个技巧,在分子个数较多的时候非常有用:这个体系里面有2个DETDA,我们可以选中其中一个DETDA的环氧基末端C原子,为这两个原子创建一个分区,并改名为CT,

然后:

所有DETDA分子的环氧基末端C原子都被添加到该Region了。

创建其他Region(选中一个H原子,然后菜单Select - Select Atoms Of Same Type则所有H原子都被选中,然后创建RegionAllH,N、O可以类似操作):

基于4种Region定义Bond Boost参数

“原子对”距离数值如下所示:

我们希望当前存在成键的“原子对”断开,没有成键的“原子对”能成键。因此对于成键的“原子对”,当它们的距离在定义区间时,就给它一个推力,对于没有成键的“原子对”当它们距离距离在定义区间时,就给它一个拉力,达到如下图所示的效果:

所以实际上如果拉力、推力应用过度,就会显著改变机理,如果是对机理研究,需要注意使用哪些条件可以不破坏机理。

那么参数设置如下:

Bond Boost参数:

Atom types with region参数:

Restraints参数:

用户可以设置多组Bond boost,例如,一个键链搭配一个Restraints,一个键环搭配另一个Restraints。数量没有限制。

一般性分子动力学参数设置

加速效果

在Movie中可以看到很快就发生了预期的聚合反应:

当然里面有改变机理的“推力”因素的原因,否则不会这么快发生反应,本文使用这些条件,只是为了演示Bond Boost的作用。