目录

溶剂筛选:批量筛选液体溶质的离子液体溶剂

通过 Python 脚本,针对用户指定的液态溶质,遍历不同阴阳离子组合(自动考虑其电荷与比例)形成的液态溶剂。指定温度下,计算液液平衡,找到混溶间隙,供用户参考其混溶性。

运行环境

Windows

AMSJobs → Help → Command-line 打开命令行,输入 sh 回车进入命令行环境,筛选作业在该环境中完成,将生成 Excel 结果文件以及图,便于用户进行数据处理。

另外,需要安装 pandas 包。安装方法:在命令行中输入

amspython -m pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple pandas

回车,大约几十秒即可安装成功。

如果 HDB、HDA、溶质数量特别巨大,需要并行化处理,则还需要安装 multiprocessing 包,安装方法:在命令行输入

amspython -m pip install multiprocessing

回车。这个包似乎没有找到国内的镜像,因此可能连接国外服务器太慢,导致安装失败。

Linux

在 AMS 环境变量生效的情况下,直接进入命令行即可,当然也需要类似安装 pandas、multiprocessing 包。

准备阴离子、阳离子、溶质

这要求清楚分子的三维结构,三维结构的确认,参考教程“寻找分子真实构型/多个异构体共存的分子的谱学性质的玻尔兹曼平均、生成*.coskf文件”的前两步。

*.coskf 文件的制作参考教程:

AMS 提供一个离子液体库,包含 80 个阳离子和 56 个阴离子,下载链接:http://downloads.scm.com/Downloads/crs/ADFCRS-2018.zip

筛选过程

文件下载:(点击),注意解压到一个不含中文、空格、括号的路径中。压缩包包含:

真正计算的时候,只计算提供了 *.coskf 文件的阴阳离子。脚本将会一次性遍历所有阴阳离子组合。

脚本参数修改

注意修改 Python 脚本需要专门的编辑器,如果用户没有编辑器,可以在关闭输入法的前提下,用写字板手动敲入字符修改(不要从其他地方粘贴进来,这会导致格式问题),或参考Python脚本的专业编辑器。推荐后者。

cal_type = 'binmixcoef'
method   = 'COSMOSACDHB'

solute = 'Water.coskf'
temp = 298.15
MPI_option= False   #If True -> parallel calculation
maxjobs=8           #numbers of processes used for parallel calculation

运行方式

在如上命令行环境中,进入脚本所在文件夹(如果 AMSJobs 进入该文件夹,则 Help → Command-line输入 sh 回车即处于该文件夹下),输入命令:

amspython example_IL_LLE_auto.py

回车即开始运行。 如果运行成功,则屏幕输出类似如下:

结果查看

运行完毕,将生成一个 IL_screening.csv 文件:

该计算实际上是采用液液平衡的计算方式,分析结果的。表格中分别列出阳离子、阴离子名称、溶质、阴阳离子电荷等。最后两列为在指定温度下,混溶间隙的起始点与终点,该数据为离子液体(阴阳离子视为一个整体)的摩尔比,例如第一种组合,该离子液体摩尔比为7.05 × 10$^{-5}$ ~ 0.941088626之间时,二者无法混溶,为两液相。

补充说明

脚本中xlle还可以输出其他数据,具体如下(本文使用了前两项):