通过 Python 脚本,针对用户指定的液态溶质,遍历不同阴阳离子组合(自动考虑其电荷与比例)形成的液态溶剂。指定温度下,计算液液平衡,找到混溶间隙,供用户参考其混溶性。
AMSJobs → Help → Command-line 打开命令行,输入 sh 回车进入命令行环境,筛选作业在该环境中完成,将生成 Excel 结果文件以及图,便于用户进行数据处理。
另外,需要安装 pandas 包。安装方法:在命令行中输入
amspython -m pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple pandas
回车,大约几十秒即可安装成功。
如果 HDB、HDA、溶质数量特别巨大,需要并行化处理,则还需要安装 multiprocessing 包,安装方法:在命令行输入
amspython -m pip install multiprocessing
回车。这个包似乎没有找到国内的镜像,因此可能连接国外服务器太慢,导致安装失败。
在 AMS 环境变量生效的情况下,直接进入命令行即可,当然也需要类似安装 pandas、multiprocessing 包。
这要求清楚分子的三维结构,三维结构的确认,参考教程“寻找分子真实构型/多个异构体共存的分子的谱学性质的玻尔兹曼平均、生成*.coskf文件”的前两步。
*.coskf 文件的制作参考教程:
AMS 提供一个离子液体库,包含 80 个阳离子和 56 个阴离子,下载链接:http://downloads.scm.com/Downloads/crs/ADFCRS-2018.zip
文件下载:(点击),注意解压到一个不含中文、空格、括号的路径中。压缩包包含:
真正计算的时候,只计算提供了 *.coskf 文件的阴阳离子。脚本将会一次性遍历所有阴阳离子组合。
注意修改 Python 脚本需要专门的编辑器,如果用户没有编辑器,可以在关闭输入法的前提下,用写字板手动敲入字符修改(不要从其他地方粘贴进来,这会导致格式问题),或参考Python脚本的专业编辑器。推荐后者。
cal_type = 'binmixcoef' method = 'COSMOSACDHB' solute = 'Water.coskf' temp = 298.15 MPI_option= False #If True -> parallel calculation maxjobs=8 #numbers of processes used for parallel calculation
在如上命令行环境中,进入脚本所在文件夹(如果 AMSJobs 进入该文件夹,则 Help → Command-line输入 sh 回车即处于该文件夹下),输入命令:
amspython example_IL_LLE_auto.py
运行完毕,将生成一个 IL_screening.csv 文件:
该计算实际上是采用液液平衡的计算方式,分析结果的。表格中分别列出阳离子、阴离子名称、溶质、阴阳离子电荷等。最后两列为在指定温度下,混溶间隙的起始点与终点,该数据为离子液体(阴阳离子视为一个整体)的摩尔比,例如第一种组合,该离子液体摩尔比为7.05 × 10$^{-5}$ ~ 0.941088626之间时,二者无法混溶,为两液相。
脚本中xlle还可以输出其他数据,具体如下(本文使用了前两项):