如何对一批xyz文件完成ADF、BAND、DFTB、Quantum Espresso计算

在ADFJobs中，有一个处理工具。可以设置批量计算，也可以批量分析结果。本例中，我们用ReaxAMS的PES扫描得到的10个分子结构，使用ADF模块计算其能量。

ADFJobs菜单栏 > Tools > Prepare…:

左上角第一个框里面，默认是结构优化，可以选中“ADF_Geometry Optimization”然后点➖去掉这个选项。然后重新点➕，设置自己所需的选项，例如我们这里只是想计算一系列结构的单点能量，因此选择如下：

选择完毕之后，注意设置一下批量计算任务的路径，例如我们这里设置的是：/Users/Landau/ADF/frames/autojobs/autojobs

用户可以根据需要设置自己的目录，目录中不能包含中文、空格。之后点击下方OK，则在该路径生成一系列任务：

按住shift键，选中这些任务（选择第一个和最后一个，则所有任务都被选中了），然后设置所需Queue，如果不选择，默认将使用Sequential队列（该队列下，所有任务将被依次执行），这里我们选择了一个叫做Sequential的队列，如下图所示。关于队列高级设置与选择，参考：Linux、Windows桌面系统：使用图形界面提交任务、指定任务核数。

设置队列之后（或者仅仅选中这些任务，而不设置队列），菜单栏Job > Run。

运行完毕之后，程序可以自动分析这一批计算，生成报表。操作如下：

用户可以首先指定报表中包括哪些信息：点击ADFJobs菜单栏 > Tools > New Report Template，默认的标准报表会列出很多信息，但这里我们只关心能量，因此只勾选了Bonding Energy，左边的Atom lables实际上也可以不勾选，将该报表名字取名为“Total Energy“，当然用户也可以随意命名。报表的格式，可以是网页，也可以是文本。这里我们选择的是默认的网页格式，如下图所示：

报表要求设置好之后，再次选中这10个任务，然后点击ADFJobs菜单栏 > Tools > Build Total Energy Report，注意其中的“Total Energy“就是我们刚才设置的报表名称。然后将生成一个网页报表：

列出了10个计算的键能，单位为Hartree。如果不清楚该单位，可以参考：能量的单位

注意，能量是一个相对量，而非绝对量，因此只有相对值是有意义的。