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atk:使用vnl-atk进行计算模拟的一般操作步骤 [2016/01/09 17:49] – [开始新的计算] fermi | atk:使用vnl-atk进行计算模拟的一般操作步骤 [2018/08/12 16:09] (当前版本) – [开始新的计算] fermi | ||
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- | ====== 使用VNL-ATK进行计算模拟的一般操作步骤 ====== | + | ====== 使用QuantumATK进行计算模拟的一般操作步骤 ====== |
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+ | ===== 计算中涉及的文件 ===== | ||
+ | ==== 输入文件 ==== | ||
+ | QuantumATK计算的输入文件是一个 Python(什么是Python语言?)格式的计算脚本(Script),文件通常命名为“'' | ||
+ | === 创建计算脚本 === | ||
+ | VNL中提供的Script Generator是创建计算脚本的最佳方式,使用这个方法可以快速的设置计算。 | ||
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+ | === 计算脚本的详细度 === | ||
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+ | 在设置计算并保存脚本时,可以有两个详细程度“Minimal”和“Show Default”,它们的区别是: | ||
+ | * “**Minimal**”:仅在脚本中写入用户手动调整的、与默认值不同的参数; | ||
+ | * “**Show Default**”:将所有计算中涉及的参数与默认值都写入脚本,方便用户了解默认值的情况。 | ||
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+ | 在计算的效果上,这两种方法生成的脚本不会有差别。 | ||
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+ | ==== 输出文件 ==== | ||
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+ | QuantumATK将所有计算结果的详细数据都保存在一个HDF5格式文件中,文件的扩展名默认为“'' | ||
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+ | === 如何读取hdf5文件中的数据 === | ||
+ | * hdf5 件是二进制文件,其中的数据可以在 NanoLab 图形界面中查看,无法用文本编辑器打开。 | ||
+ | * hdf5 文件中的数据除了在 NanoLab 直接查看并可视化之外,还可以使用 QuantumATK 提供的 Python 工具读取并导出。 | ||
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+ | === log 文件 === | ||
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+ | QuantumATK会将计算过程的概要信息输出到标准输出。用户可以将 log 信息重定向至指定的文件,以备查看。log 文件中通常包含重要的提示、警告和错误信息,对于判断计算过程是否正常十分重要。 | ||
===== 开始新的计算 ===== | ===== 开始新的计算 ===== | ||
- | 和很多其他的计算模拟工具一样,VNL-ATK提供了一整套方便易用的工具,涵盖模型构建、计算设置、计算任务提交和管理、结果分析与可视化等所有必备的功能。 | + | 和很多其他的计算模拟工具一样,QuantumATK提供了一整套方便易用的工具,涵盖模型构建、计算设置、计算任务提交和管理、结果分析与可视化等所有必备的功能。 |
- | * 使用Builder进行模型构建; | + | 基本步骤: |
- | | + | - 使用**DataBase**和**Builder**进行结构搜索和模型构建; |
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+ | {{: | ||
===== 在已有计算的基础上进一步分析其他性质 ===== | ===== 在已有计算的基础上进一步分析其他性质 ===== | ||
+ | |||
+ | <WRAP center round important 100%> | ||
+ | 从2016版开始,所有分析计算都将消耗一个master,用户需要在能获得master license的机器上进行计算。与此相对的,进行NEB、IVCurve等多个并行的自洽的计算作业不再需要多个master,而是只需要1个master,并使用多个slave并行,这将大大优化计算license使用效率。 | ||
+ | </ | ||
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+ | 如果用户已经对某一模型进行过一些计算,而在之后的研究中想使用同样的方法继续分析其他的性质,则可以选择使用“'' | ||
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