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--- adf:viscosity [2023/04/24 17:37] – [操作步骤] liu.jun
+++ adf:viscosity [2024/07/03 15:44] (当前版本) – [结果分析与处理] liu.jun
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-======ReaxFF-粘度：通过自相关函数与Green-Kubo公式计算粘度======
+======粘度：通过自相关函数与Green-Kubo公式计算粘度======
 Green-Kubo公式：
 {{ :adf:viscosity00.png?250 }}
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   * //<P<sub>αβ</sub>(0)P<sub>αβ</sub>(t)>//即压力张量自相关函数对所有时间原点、所有非对角分量的平均
-因为粘度的计算不涉及反应，因此除了使用ReaxFF外，也可以使用Force Field模块中其他力场（例如GAFF力场），甚至也可以使用第一性原理进行分子动力学模拟，从而类似地生成粘度信息。分子动力学的参数设置大同小异，只是Main面板的参数设置有所差别。
+因为粘度的计算不涉及反应，因此除了使用ReaxFF外，也可以使用Force Field模块中其他力场（例如GAFF力场）或机器学习势，甚至也可以使用第一性原理进行分子动力学模拟，从而类似地生成粘度信息。分子动力学的参数设置大同小异，只是Main面板的参数设置有所差别。
-这里以苯为例，室温下苯的粘度实验值为0.5 mPa s。
+这里以苯为例，室温下苯的粘度实验值为0.5 mPa s。本文计算粘度是通过分子动力学，因此单组份、多组分混合物都是适用的，文末介绍了使用QSPR方法计算粘度，只适用于单组份液体。
 =====模型=====
 AMSinput - Edit - Builder，设置晶格常数为26.666*26.666*26.666 Å<sup>3</sup>，并加入128个Benzene分子（创建分子混合物参考教程：[[adf:creatsurfaceofliquid]])，从而密度与实验密度尽量接近:
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 {{ :adf:viscosity01.png?650 }}
-注意体系的大小，会严重影响粘度的计算数值，因此**体系规模应该大一些，这样粘度数值可靠性强一些**（统计振荡误差减弱）。
+注意体系的大小，会严重影响粘度的计算数值，因此**体系规模应该大一些，这样粘度数值可靠性强一些**（统涨洛误差减弱）。
 =====ReaxFF分子动力学参数设置=====
 基本的设置（周期性一定要确保为Bulk）：
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 =====结果分析与处理=====
-压力张量自相关函数的计算范围，必须是动力学模拟达到平衡之后的时间。所以如果体系事先经过弛豫，则除去前面少量帧数，后面大量帧数都可以使用，如果没有弛豫，**在势能**（SCM → Movie → MD Properties - Potential Energy，即可显示势能；Properties - Time显示时间，Graph - Curve on X Axes，则时间变为横轴）**达到稳定前的帧数是不能用的。**
+压力张量自相关函数的计算范围，必须是动力学模拟达到平衡之后的时间。所以如果体系事先经过弛豫，则除去前面少量帧数，后面大量帧数都可以使用，如果没有弛豫，**在势能达到稳定前的帧数，是不能用的。**
 从Movie中显示的势能的结果来看，300帧的时候，就接近平衡状态了，因此我们可以从300帧开始生成自相关函数（总共12001帧，**模拟时间太短，帧数太少，会导致粘度数据不可靠**）：
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 =====补充：QSPR预测粘度=====
-AMS的COSMO-RS模块，也能预测液体粘度。
+AMS的COSMO-RS模块，也能预测液体粘度：[[adf:viscositycosmo-rs]]
-参考[[adf:viscositycosmo-rs]]

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