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adf:updategeotry [2017/11/10 14:43] – [方式四] liu.jun | adf:updategeotry [2022/02/07 16:07] (当前版本) – liu.jun | ||
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- | ======如何将结构优化、分子动力学某一帧结构导出,或更新到ADFinput用于后续计算====== | + | ======如何将结构优化、分子动力学某一帧结构导出,或更新到AMSinput用于后续计算====== |
- | =====方式一===== | + | 在Movie窗口适当的某一帧,例如最后一帧,Ctrl A全选所有原子,Ctrl C复制,(不要关闭Movie窗口)到AMSinput窗口Ctrl V粘贴。然后可以关闭Movie窗口了。 |
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- | 如果是纯粹的图形界面操作,结构优化完成之后,ADFinput窗口自动弹出如下窗口: | + | |
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- | {{: | + | |
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- | 点击Yes,即更新该任务的ADFinput窗口。 | + | |
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- | 之后,就可以在该窗口修改计算参数,另存为一个文件,进行后续的计算。 | + | |
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- | =====方式二===== | + | |
- | 结构优化、分子动力学模拟完成之后,或者甚至在计算过程中,可以通过点击该任务的任意窗口,比如ADFinput > 左上角SCM Logo > Movie,这样可以看到结构优化过程,或者分子动力学过程,分子结构的变化过程。在该窗口点击Graph> | + | |
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- | 之后,就可以在该窗口修改计算参数,另存为一个文件,进行后续的计算。 | + | |
- | + | ||
- | =====方式三===== | + | |
- | 结构优化、分子动力学模拟完成之后,或者甚至在计算过程中,可以通过点击该任务的任意窗口,比如ADFinput > 左上角SCM Logo > Movie,这样可以看到结构优化过程,或者分子动力学过程,分子结构的变化过程。在该窗口点击Graph> | + | |
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- | 之后,新开ADFinput窗口,File > Import Coordinates,导入该文件,即可。之后设置参数,进行后续的计算。 | + | |
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- | =====方式四===== | + | |
- | 在*.logfile看到结构优化每一步的坐标、对应的能量。 | + | |
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- | **复制*.logfile中需要的分子结构的坐标,新开一个ADFinput窗口,ctrl v可以直接粘贴该分子。** | + |