adf:updategeotry

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--- adf:updategeotry [2016/05/26 14:55] – liu.jun
+++ adf:updategeotry [2022/02/07 16:07] (当前版本) – liu.jun
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-======如何将结构优化、分子动力学某一帧结构提取出来，或更新到ADFinput用于后续计算======
+======如何将结构优化、分子动力学某一帧结构导出，或更新到AMSinput用于后续计算======
-=====方式一=====
+在Movie窗口适当的某一帧，例如最后一帧，Ctrl A全选所有原子，Ctrl C复制，（不要关闭Movie窗口）到AMSinput窗口Ctrl V粘贴。然后可以关闭Movie窗口了。
-如果是纯粹的图形界面操作，结构优化完成之后，ADFinput窗口自动弹出如下窗口：
-{{:adf:geoupdate01.png?300|}}
-点击Yes，即更新该任务的ADFinput窗口。
-之后，就可以在该窗口修改计算参数，另存为一个文件，进行后续的计算。
-=====方式二=====
-结构优化、分子动力学模拟完成之后，或者甚至在计算过程中，可以通过点击该任务的任意窗口，比如ADFinput > 左上角SCM Logo > Movie，这样可以看到结构优化过程，或者分子动力学过程，分子结构的变化过程。在该窗口点击Graph>Energy，右边窗口则显示结构优化过程中，每一个结构对应的能量，一帧表示一个结构，窗口下方的进度条拖动到自己想要的一帧（例如能量最低的一帧），然后点击File > Update Geometry in Input，那么这一帧的结构，就会更新到该任务的ADFinput窗口。
-之后，就可以在该窗口修改计算参数，另存为一个文件，进行后续的计算。
-=====方式三=====
-结构优化、分子动力学模拟完成之后，或者甚至在计算过程中，可以通过点击该任务的任意窗口，比如ADFinput > 左上角SCM Logo > Movie，这样可以看到结构优化过程，或者分子动力学过程，分子结构的变化过程。在该窗口点击Graph>Energy，右边窗口则显示结构优化过程中，每一个结构对应的能量，一帧表示一个结构，窗口下方的进度条拖动到自己想要的一帧（例如能量最低的一帧），然后点击File > Save Geometry。那么这样就把该结构保存成为一个xyz格式的文件了。这个文件，存储的是分子体系，或者分子动力学模拟的盒子尺寸及其中所有原子的坐标。
-之后，新开ADFinput窗口，File > Import Coordinates，导入该文件，即可。之后设置参数，进行后续的计算。
-=====方式四=====
-对于结构优化，可以在＊.logfile看到结构优化每一步的坐标、对应的能量，复制其中需要的一个分子结构的坐标，新开一个ADFinput窗口，ctrl v可以直接粘贴该分子。之后设置参数，进行后续的计算。

adf/updategeotry.1464245750.txt.gz · 最后更改: 2016/05/26 14:55 由 liu.jun

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