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adf:tssexample2020 [2022/10/31 11:18] – [第二步,猜测反应路径] liu.jun | adf:tssexample2020 [2023/04/02 19:44] (当前版本) – [活化能] liu.jun | ||
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- | ====== 过渡态搜索 ====== | + | ====== 过渡态搜索、自由能、活化能的计算 |
本教程软件版本AMS2020.101,以F< | 本教程软件版本AMS2020.101,以F< | ||
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下面的表格列出了振动的频率、强度,对于虚频(频率为负),点击该行,即可看到对应的振动模式动画。进而检查是否符合过渡态特征。如果最大、最强的这个虚频确实满足过渡态特征,我们就可以继续基于该分子结构真正开始搜索过渡态,也就是下一步。 | 下面的表格列出了振动的频率、强度,对于虚频(频率为负),点击该行,即可看到对应的振动模式动画。进而检查是否符合过渡态特征。如果最大、最强的这个虚频确实满足过渡态特征,我们就可以继续基于该分子结构真正开始搜索过渡态,也就是下一步。 | ||
- | * <color grey> | + | * <color grey> |
- | * <color grey> | + | * <color grey> |
行 143: | 行 143: | ||
Gibbs自由能的计算,参考:[[adf: | Gibbs自由能的计算,参考:[[adf: | ||
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+ | =====活化能===== | ||
+ | 简而言之就是过渡态的**“能量”**-反应物的**“能量”**。 | ||
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+ | 如果活化能是应用于厄伦尼乌斯公式,用来计算反应速率,那么**“能量”**一般采用计算结束之后得到的Total Bonding energy(*.logfile尾部的“Bond Energy”、*.out文件中“Total Bonding Energy”),加上零点能(SCM → Output → Other Properties → Zero-Point Energy ,计算频率默认就可以得到该值)。 | ||
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+ | 如果考虑外部条件,则可以用Gibbs自由能的计算时,得到的焓(Enthalpy H)来相减。 | ||
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+ | 如果用Gibbs自由能相减,这个能量差值,是不能用于厄伦尼乌斯公式的。 | ||
=====总结===== | =====总结===== | ||