差别

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--- adf:sinkofreaxmd [2019/12/10 09:48] – [反应力场新功能Molecule Sink：反应过程中清除指定产物] liu.jun
+++ adf:sinkofreaxmd [2024/07/08 19:37] (当前版本) – [结果查看] liu.jun
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-======反应力场新功能Molecule Sink：反应过程中清除指定产物======
+======Molecule Sink：反应过程中清除指定产物======
-本文以甲烷燃烧为例，燃烧过程中不断生成$CO_2$和$H_2O$，设定不断抽走产物中的水和二氧化碳，版本要求AMS2019.301，使用ReaxAMS模块完成。
+本文以甲烷燃烧为例，燃烧过程中不断生成CO<sub>2</sub>和H<sub>2</sub>O，设定不断抽走产物中的水和二氧化碳，版本要求AMS2020.101，使用ReaxFF模块完成，其他模块例如机器学习势、DFTB、基于BAND模块则属于AIMD，除了Main的参数设置不同，其他设置完全一致。当然，用户如果指定在3万步的时候，去掉所有O<sub>2</sub>，也是可以的，程序并不区分谁是反应物谁是产物。
-<color red>A</color>msterdam <color red>M</color>odeling <color red>S</color>uite（原名ADF）2019，在反应力场方面推出了一个新模块Reax<color red>AMS</color>，该模块是SCM公司独立开发的，理论与Adri van Duin课题组开发的ReaxFF相同，但功能上，与后者互补。
 =====参数设置=====
-ADFinput > Edit > Builder创建$O_2$与$CH_4$的混合物：
+设置，参考：[[adf:simplemdofreaxams]]。不过这里我们不设置变温，而是设为恒温4300K，免得等不到生成CO<sub>2</sub>、H<sub>2</sub>O的反应发生:
-{{ :adf:sink01.png?650 |}}
+{{ :adf:sink05_2.png?350 |}}
-选择力场：
+增加参数设置：Model > Molecule Sink，设置抽走分子：
-{{ :adf:sink02.png?650 |}}
+{{ :adf:sink05.png?650 |}}
-点击Task：Molecular Dynamics后面的 > 按钮，设置分子动力学模拟详细参数：步数（此处设置为10万步）、步长（此处默认0.25fs）、sample frequency（每多少步保存一次轨迹）：
+参数含义：
+  * Formula，指抽走分子的分子式，用户输入后，保存任务时，软件会自动调整为标准格式。如果填*则表示所有分子，可以结合Sink box或Safe box使用
-{{ :adf:sink03.png?650 |}}
+  * Sink box：进入Sink box的分子（只要有一个原子进入该区域）即执行清理，6个数字是区域的分数坐标，分别代表A$_{min}$、A$_{max}$、B$_{min}$、B$_{max}$、C$_{min}$、C$_{max}$，其中A、B、C是Cell的三个轴，数值为分数坐标。
+  * Safe box：类似Sink box，指凡是进入该区域的分子（只要有一个原子进入该区域），就不允许清理
-Model > Molecule Sink，设置抽走分子：
+  * Frequency，指每多少步清理一次，每次将该分子全部清理掉，或符合Safe box、Sink box的设置进行清理。注意，清理与否，判定条件就是是检查当前是否符合清理条件，例如一个分子进入了Sink box，但是在清理执行时，它出去了，它就不会被清理
+  * Start step，指从第多少步开始清理
-{{ :adf:sink05.png?650 |}}
+  * Stop step，指第多少步以后不再清理，如果不设置，抽取过程将持续到模拟结束
+  * **以上几个条件，可以根据需求，选择性地填入。**
-其中：
+因此上面的设置是Cell上部10%区域，从10000步开始，每隔1000步清理一次进入该区域的一切分子（块体、二维表面算一个分子），从20000万步起，每隔1000步全域清理一次H2O。
-  * Formula，指抽走分子的分子式，用户输入后，保存任务时，软件会自动调整为标准格式
-  * Frequency，指每多少步抽一次，每次将该分子全部抽走
-  * Start step，指从第多少步开始抽取
-  * Stop step，指第多少步以后不再抽取，如果不设置，抽取过程将持续到模拟结束
 =====结果查看=====
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 {{ :adf:sink06.png?650 |}}
-可以看到虽然我们已经模拟了56000步，但是体系中并没有$CO_2$，只有2个$H_2O$分子，但是从数量曲线来看，出现了$H_2O$之后，很快就消失了。而对照相同模拟条件，但没有设置Molecule Sink的模拟来看，在相同的模拟时长内，生成了大量$CO_2$和$H_2O$。
+可以看到虽然我们已经模拟了40000步，只有2个H<sub>2</sub>O分子，但是从数量曲线来看，出现了H<sub>2</sub>O之后，很快就消失了。而对照相同模拟条件，但没有设置Molecule Sink的模拟结果来看，在相同的模拟时长内，生成了大量H<sub>2</sub>O。
 因此这实际上表示，我们设置的Molecule Sink成功的实现了抽走特定产物的功能。
+====键级====
+在AMSinput中的键级，未经计算，因此其键级是图形窗口根据简单的价电子规则而猜测出来的。在Movie中是经过计算的，因此鼠标选中两个原子，窗口左下角则会显示两个原子之间的键级。

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