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adf:simplestexample [2017/05/07 11:06] – [第五步:从图谱导出数据] liu.jun | adf:simplestexample [2019/12/18 20:05] (当前版本) – [第一步:创建模拟的模型] liu.jun | ||
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- | ======如何进行最简单的模拟(基本参数范例详解):398K下H2与F2摩尔比1: | + | ======案例:398K下H2与F2摩尔比1: |
打开ADFinput,切换到ReaxFF模块: | 打开ADFinput,切换到ReaxFF模块: | ||
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=====第一步:创建模拟的模型===== | =====第一步:创建模拟的模型===== | ||
- | - 菜单栏点击Edit > Builder,设置Cell的尺寸(如下图所示则为30*30*30立方埃的一个立方盒子,当然尺寸可以根据自己的需要随意修改,但修改的时候要注意这影响着浓度,更详细的说明,可以参考[[adf: | + | - 菜单栏点击Edit > Builder,设置Cell的尺寸(如下图所示则为30*30*30立方埃的一个立方盒子,当然尺寸可以根据自己的需要随意修改,但修改的时候要注意这影响着浓度、密度,更详细的说明,可以参考[[adf: |
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- 在盒子中,放入分子:点击图中所示的加号两次,这样可以导入两种分子。如果需要导入其他分子,多点几次加号就可以了。 | - 在盒子中,放入分子:点击图中所示的加号两次,这样可以导入两种分子。如果需要导入其他分子,多点几次加号就可以了。 | ||
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- 如下图所示,在两个框中直接输入H< | - 如下图所示,在两个框中直接输入H< | ||
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点击“Generate Molecules”,这样上面设置的两种分子就会产生到左边的窗口,如下图所示: | 点击“Generate Molecules”,这样上面设置的两种分子就会产生到左边的窗口,如下图所示: | ||
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**补充说明:** | **补充说明:** | ||
- | 如果输入的分子式,软件自带的库里面没有,那么就需要自己创建*.xyz文件,创建分子参考[[https:// | + | 如果输入的分子式,软件自带的库里面没有,那么就需要自己创建*.xyz文件,创建分子建模的操作,参考:[[adf:buildmodel|AMS软件建模教程]];创建完毕之后,在ADFinput窗口点击菜单栏File > Export Coordinates,如此将该分子结构保存成某个名字为*.xyz的文件。要记住保存的位置,便于后面导入分子的时候,找到这个分子的xyz文件。 |
导入*.xyz文件的方式:点击如下窗口所示的按钮之后,选中前面保存的*.xyz文件即可。 | 导入*.xyz文件的方式:点击如下窗口所示的按钮之后,选中前面保存的*.xyz文件即可。 | ||
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=====第二步:设置分子动力学模拟的条件===== | =====第二步:设置分子动力学模拟的条件===== | ||
- | 下图中红色圆圈所示的地方是最重要的,需要设置的地方: | + | {{ : |
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* Force Field:参考[[adf: | * Force Field:参考[[adf: | ||
* Number of iterations:迭代步数。这个数字乘以Time Step就等于需要模拟“多长时间的化学反应”(注意,不是指软件运行的时间)。比如希望模拟100ps,就需要400万步,这个地方就要输入4000000 | * Number of iterations:迭代步数。这个数字乘以Time Step就等于需要模拟“多长时间的化学反应”(注意,不是指软件运行的时间)。比如希望模拟100ps,就需要400万步,这个地方就要输入4000000 | ||
* Start with:这个选项的初衷,是由于分子动力学模拟,如果初始结构不是很稳定的话,就容易出现爆沸,也就会得到不合理的结果。但这个选项目前效果并不好,所以一般也不需要用 | * Start with:这个选项的初衷,是由于分子动力学模拟,如果初始结构不是很稳定的话,就容易出现爆沸,也就会得到不合理的结果。但这个选项目前效果并不好,所以一般也不需要用 | ||
- | * Time Step:分子动力学的步长。这个数字一般不需要改。其物理含义是指:分子动力学并不能连续的描述原子的运动行为,它是在一个时间点计算这个原子的位置、速度、力、加速度,然后维持这个特点,让原子运动一个time step的时间长度,然后重新计算每个原子的位置、速度、力、加速度——这就是time step的含义和用途。 | + | * Time Step:分子动力学的步长。这个数字一般不需要改。其物理含义是指:分子动力学并不能连续的描述原子的运动行为,它是在一个时间点计算这个原子的位置、速度、力、加速度,然后维持这个特点,让原子运动一个time step的时间长度,然后重新计算每个原子的位置、速度、力、加速度——这就是time step的含义和用途。这个值,0.25fs是很合理的,太大例如1fs,会导致失真,太小会白白增大计算耗时,而对MD精度基本没有什么提高。 |
* Method:选择热力学系综。参考[[adf: | * Method:选择热力学系综。参考[[adf: | ||
* Temperature:设置温度。这个地方如果没有经验的话,务必参阅[[adf: | * Temperature:设置温度。这个地方如果没有经验的话,务必参阅[[adf: | ||
- | * Damping constant:这个不需要设置。修改之后对模拟效果的帮助也不系统,或者没有帮助 | + | * Damping constant:这个不需要设置。修改之后对模拟效果的帮助也不系统,或者没有帮助。但其初衷是为了增大系统的随机性。 |
* Pressure:如果选择了NVT(Velocity Verlet +Berendsen属于NVT)系综,这个参数就不起作用;如果选择NPT系综,Temperature和Pressure都需要设置。但如果体系尺寸不大的话,压强的震荡就非常的剧烈——注意:这是符合物理事实的。 | * Pressure:如果选择了NVT(Velocity Verlet +Berendsen属于NVT)系综,这个参数就不起作用;如果选择NPT系综,Temperature和Pressure都需要设置。但如果体系尺寸不大的话,压强的震荡就非常的剧烈——注意:这是符合物理事实的。 | ||
- | * Damping constant:这个不需要设置。修改之后对模拟效果的帮助也不系统,或者没有帮助 | + | * Stress:计算力学性质时需要用到,其他情况不需要设置。 |
* 如果不关心动力学过程,而只关心产物的情况,那么强烈建议设置Details> | * 如果不关心动力学过程,而只关心产物的情况,那么强烈建议设置Details> | ||
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=====第三步:提交任务===== | =====第三步:提交任务===== | ||
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对于ReaxFF而言,结果文件中最重要的是*.rxkf,**一般而言,这个文件是所有结果文件中最大的那个。**具体如何查看可以参考[[adf: | 对于ReaxFF而言,结果文件中最重要的是*.rxkf,**一般而言,这个文件是所有结果文件中最大的那个。**具体如何查看可以参考[[adf: | ||
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弹出分子列表的窗口,选中关心的分子:H< | 弹出分子列表的窗口,选中关心的分子:H< | ||
行 65: | 行 62: | ||
选中之后,右边会出现选中的分子的个数变化曲线。 | 选中之后,右边会出现选中的分子的个数变化曲线。 | ||
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**注意:** | **注意:** | ||
行 71: | 行 68: | ||
* “show”那一列默认是全选,也就是左边窗口中所有的原子都显示出来。如果只勾选部分的话,就只显示这些选中的分子 | * “show”那一列默认是全选,也就是左边窗口中所有的原子都显示出来。如果只勾选部分的话,就只显示这些选中的分子 | ||
* 在Movie中查看图谱的时候,最好将Movie的播放暂停,否则可能有点卡 | * 在Movie中查看图谱的时候,最好将Movie的播放暂停,否则可能有点卡 | ||
- | * 其他性质,用户可以在Movie窗口自己点开看看。如果不清楚,可以来信至support@fermitech.com.cn咨询。 | + | * 其他性质,用户可以在Movie窗口自己点开看看。如果不清楚,可以来信至ams@fermitech.com.cn咨询。 |
=====第五步:从图谱导出数据===== | =====第五步:从图谱导出数据===== |