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adf:screenhbd-hba [2023/06/09 21:44] – [Windows] liu.jun | adf:screenhbd-hba [2023/08/21 17:14] (当前版本) – [Windows] liu.jun | ||
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行 1: | 行 1: | ||
- | ======低共熔溶剂批量筛选====== | + | ======溶剂筛选:气体溶质的低共熔溶剂批量筛选====== |
- | HBA、HBD以一定比例形成低共熔溶剂,本文介绍通过 Python 脚本,批量计算二者以一定比例遍历组合形成的溶剂,用户指定溶质在其中的活度系数(使用无限稀释模型)以及亨利常数。 | + | HBA、HBD以一定比例形成低共熔溶剂,本文介绍通过 Python 脚本,遍历各种HBA、HBD、遍历配比,形成的溶剂中,特定**气体溶质**在其中的活度系数(使用无限稀释模型)以及亨利常数、溶解度。 |
=====运行环境===== | =====运行环境===== | ||
====Windows==== | ====Windows==== | ||
- | AMSJobs → Help → Command-line打开命令行,输入sh回车进入命令行环境,筛选作业在该环境中完成,将生成Excel结果文件以及图,便于用户进行数据处理。 | + | AMSJobs → Help → Command-line 打开命令行,输入 sh 回车进入命令行环境,筛选作业在该环境中完成,将生成 Excel 结果文件以及图,便于用户进行数据处理。 |
- | 另外,需要安装pandas包。安装方法:在命令行中输入amspython -m pip install -i https:// | + | 另外,需要安装 pandas 包。安装方法:在命令行中输入 |
+ | < | ||
+ | amspython -m pip install -i https:// | ||
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+ | 回车,大约几十秒即可安装成功。 | ||
- | 如果HDB、HDA、溶质数量特别巨大,需要并行化处理,则还需要安装multiprocessing包,安装方法:在命令行输入amspython -m pip install multiprocessing回车。这个包似乎没有找到国内的镜像,因此可能连接国外服务器太慢,导致安装失败。 | + | 如果 HDB、HDA、溶质数量特别巨大(例如上万个),需要并行化处理,则还需要安装 multiprocessing 包,安装方法:在命令行输入 |
+ | < | ||
+ | amspython -m pip install multiprocessing | ||
+ | </ | ||
+ | 回车。这个包似乎没有找到国内的镜像,因此可能连接国外服务器太慢,导致安装失败。 | ||
====Linux==== | ====Linux==== | ||
- | 在AMS环境变量生效的情况下,直接进入命令行即可,当然也需要类似安装pandas、multiprocessing包。 | + | 在 AMS 环境变量生效的情况下,直接进入命令行即可,当然也需要类似安装 pandas、multiprocessing 包。 |
=====准备HDA、HDB、溶质===== | =====准备HDA、HDB、溶质===== | ||
- | 这要求清楚分子的三维结构,三维结构的确认,参考教程“[[adf: | + | 这要求清楚分子的三维结构,三维结构的确认,参考教程:“[[adf: |
- | 得到分子结构后,制备HDA、HDB、溶质分子的*.coskf,参考教程: | + | 得到分子结构后,制备 HDA、HDB、溶质分子的 *.coskf,参考教程: |
* [[adf: | * [[adf: | ||
* [[adf: | * [[adf: | ||
=====筛选过程===== | =====筛选过程===== | ||
- | 文件下载:({{: | + | 文件下载:({{: |
====脚本参数修改==== | ====脚本参数修改==== | ||
- | 注意修改Python脚本需要专门的编辑器,如果用户没有编辑器,可以在关闭输入法的前提下,用写字板修改,或参考[[adf: | + | 注意修改 Python 脚本需要专门的编辑器,如果用户没有编辑器,可以在关闭输入法的前提下,用写字板修改,或参考[[adf: |
< | < | ||
cal_type = ' | cal_type = ' | ||
行 36: | 行 43: | ||
ncore=8 | ncore=8 | ||
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- | * 该脚本使用COSMOSACDHB方法,可以修改为其他方法,包括: | + | * 该脚本使用 COSMOSACDHB 方法,可以修改为其他方法,包括: |
* COSMORS | * COSMORS | ||
* COSMOSAC | * COSMOSAC | ||
行 44: | 行 51: | ||
* COSMOSAC2016 | * COSMOSAC2016 | ||
* COSMOSACDHB | * COSMOSACDHB | ||
- | * 该脚本的溶质为Carbon_dioxide.coskf | + | * 该脚本的溶质为 Carbon_dioxide.coskf |
- | * 温度为25°C | + | * 温度为 25°C |
- | * 如果成功安装了multiprocessing,则可以将MPI_option= False改为MPI_option= True,从而可以使用多个核心,具体使用多少核心数通过ncore=n来设置。 | + | * 如果成功安装了 multiprocessing,则可以将 MPI_option= False 改为 MPI_option= True,从而可以使用多个核心,如果使用n个核心数通过 ncore=n 来设置。 |
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Pvap = np.power(10, | Pvap = np.power(10, | ||
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- | * 这里6.35537、2067.0、156.462是Antonie equation中的A、B、C。用户如果没有相关数据,可以在NIST查询,参考[[adf: | + | * 这里 6.35537、2067.0、156.462 是 Antonie equation 中的 A、B、C。用户如果没有相关数据,可以在 NIST 查询,参考:[[adf: |
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HBA_to_HBD_ratio = [0.5,1,2] | HBA_to_HBD_ratio = [0.5,1,2] | ||
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- | * 这表示HBA: | + | * 这表示 HBA:HBD 摩尔比将遍历 |
+ | =====运行方式===== | ||
+ | 在如上命令行环境中,进入脚本所在文件夹(如果 AMSJobs 进入该文件夹,则 Help → Command-line 输入 sh 回车即处于该文件夹下),输入命令: | ||
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+ | amspython example9_DES_screening_MPI.py | ||
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+ | 回车即开始运行。 | ||
=====结果查看===== | =====结果查看===== | ||
- | 一般很快运行完毕,结果在文件夹中,包含不同比例情况下的亨利常数对数比较,以及一个Excel文件,详细列出活度系数、亨利常数、1 bar下的溶解度(采用公式x = 1bar/ | + | 一般很快运行完毕(案例中的文件数量耗时几十秒),结果在文件夹中,包含不同比例情况下的亨利常数对数比较,以及一个 Excel 文件,详细列出活度系数、亨利常数、1 bar 下的溶解度(采用公式 x = 1bar/H 计算得到) |