差别

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--- adf:screenhbd-hba [2023/06/09 21:39] – [筛选过程] liu.jun
+++ adf:screenhbd-hba [2023/08/21 17:14] (当前版本) – [Windows] liu.jun
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-======低共熔溶剂批量筛选======
+======溶剂筛选：气体溶质的低共熔溶剂批量筛选======
-HBA、HBD以一定比例形成低共熔溶剂，本文介绍通过 Python 脚本，批量计算二者以一定比例遍历组合形成的溶剂，用户指定溶质在其中的活度系数（使用无限稀释模型）以及亨利常数。
+HBA、HBD以一定比例形成低共熔溶剂，本文介绍通过 Python 脚本，遍历各种HBA、HBD、遍历配比，形成的溶剂中，特定**气体溶质**在其中的活度系数（使用无限稀释模型）以及亨利常数、溶解度。
 =====运行环境=====
 ====Windows====
-AMSJobs → Help → Command-line打开命令行，输入sh回车进入命令行环境，筛选作业在该环境中完成，将生成Excel结果文件以及图，便于用户进行数据处理。
+AMSJobs → Help → Command-line 打开命令行，输入 sh 回车进入命令行环境，筛选作业在该环境中完成，将生成 Excel 结果文件以及图，便于用户进行数据处理。
-另外，需要安装pandas包。安装方法：在命令行中输入amspython -m pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple pandas回车，大约几十秒即可安装成功。
+另外，需要安装 pandas 包。安装方法：在命令行中输入
+<code>
-如果HDB、HDA、溶质数量特别巨大，需要并行化处理，则还需要安装multiprocessing包，安装方法：在命令行输入amspython -m pip install multiprocessing回车。这个包似乎没有找到国内的镜像，因此可能连接国外服务器太慢，导致安装失败。
+amspython -m pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple pandas
+</code>
+回车，大约几十秒即可安装成功。
+如果 HDB、HDA、溶质数量特别巨大（例如上万个），需要并行化处理，则还需要安装 multiprocessing 包，安装方法：在命令行输入
+<code>
+amspython -m pip install multiprocessing
+</code>
+回车。这个包似乎没有找到国内的镜像，因此可能连接国外服务器太慢，导致安装失败。
+====Linux====
+在 AMS 环境变量生效的情况下，直接进入命令行即可，当然也需要类似安装 pandas、multiprocessing 包。
 =====准备HDA、HDB、溶质=====
-这要求清楚分子的三维结构，三维结构的确认，参考教程“[[adf:confomer]]”的前两步。
+这要求清楚分子的三维结构，三维结构的确认，参考教程：“[[adf:confomer]]”的前两步。
-得到分子结构后，制备HDA、HDB、溶质分子的*.coskf，参考教程：
+得到分子结构后，制备 HDA、HDB、溶质分子的 *.coskf，参考教程：
   * [[adf:coskf2020]]
   * [[adf:coskfbatch]]
 =====筛选过程=====
-文件下载：（{{:adf:automated_screening_il_des.rar|点击}}），注意解压到一个不含中文、空格的路径中。压缩包包含一个 Python 脚本与一个文件夹coskf-DES，该文件夹中包含三个文件夹，分别是存放HDA、HDB、溶质分子的*.coskf文件的。脚本将会一次性遍历所有溶剂组合和比例，其中HDA、HDB比例遍历情况可以在脚本中修改，详见下文。
+文件下载：（{{:adf:automated_screening_il_des.rar|点击}}），注意解压到一个不含中文、空格的路径中。压缩包包含一个 Python 脚本与一个文件夹 coskf-DES，该文件夹中包含三个文件夹，分别是存放 HDA、HDB、溶质分子的 *.coskf 文件的。脚本将会一次性遍历所有溶剂组合和比例，其中 HDA、HDB 比例遍历情况可以在脚本中修改，详见下文。
 ====脚本参数修改====
-注意修改Python脚本需要专门的编辑器，如果用户没有编辑器，可以在关闭输入法的前提下，用写字板修改，或参考[[adf:modifypython]]。推荐后者。
+注意修改 Python 脚本需要专门的编辑器，如果用户没有编辑器，可以在关闭输入法的前提下，用写字板修改，或参考[[adf:modifypython]]。推荐后者。
 <code>
 cal_type = 'activitycoef'
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 ncore=8            #numbers of processes used for multiprocessing
 </code>
-  * 该脚本使用COSMOSACDHB方法，可以修改为其他方法，包括：
+  * 该脚本使用 COSMOSACDHB 方法，可以修改为其他方法，包括：
     * COSMORS
     * COSMOSAC
@@ 行 43: / 行 51: @@
     * COSMOSAC2016
     * COSMOSACDHB
-  * 该脚本的溶质为Carbon_dioxide.coskf
+  * 该脚本的溶质为 Carbon_dioxide.coskf
-  * 温度为25°C
+  * 温度为 25°C
-  * 如果成功安装了multiprocessing，则可以将MPI_option= False改为MPI_option= True，从而可以使用多个核心，具体使用多少核心数通过ncore=n来设置。
+  * 如果成功安装了 multiprocessing，则可以将 MPI_option= False 改为 MPI_option= True，从而可以使用多个核心，如果使用n个核心数通过 ncore=n 来设置。
 <code>
 Pvap = np.power(10, 6.35537 - 2067.0/(temp+156.462) )
 </code>
-  * 这里6.35537、2067.0、156.462是Antonie equation中的A、B、C。用户如果没有相关数据，可以在NIST查询，参考[[adf:antoinesearch]]，（目前脚本中的A、B、C数据是从其他地方拟合得到的，因此与NIST中的数据不同）
+  * 这里 6.35537、2067.0、156.462 是 Antonie equation 中的 A、B、C。用户如果没有相关数据，可以在 NIST 查询，参考：[[adf:antoinesearch]]，（目前脚本中的 A、B、C 数据是从其他地方拟合得到的，因此与 NIST 中的数据不同）
 <code>
 HBA_to_HBD_ratio = [0.5,1,2]
 </code>
-  * 这表示HBA:HBD摩尔比分别为2:1、1:1、1:2。用户可以按照这种方式，自行添加需要的比例。
+  * 这表示 HBA:HBD 摩尔比将遍历 2:1、1:1、1:2 三种比例。用户可以按照这种方式，自行添加需要的比例。
+=====运行方式=====
+在如上命令行环境中，进入脚本所在文件夹（如果 AMSJobs 进入该文件夹，则 Help → Command-line 输入 sh 回车即处于该文件夹下），输入命令：
+<code>
+amspython example9_DES_screening_MPI.py
+</code>
+回车即开始运行。
 =====结果查看=====
+一般很快运行完毕(案例中的文件数量耗时几十秒)，结果在文件夹中，包含不同比例情况下的亨利常数对数比较，以及一个 Excel 文件，详细列出活度系数、亨利常数、1 bar 下的溶解度（采用公式 x = 1bar/H 计算得到）

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