这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版 | ||
adf:reaxffcountbonds [2023/07/01 10:50] – liu.jun | adf:reaxffcountbonds [2024/06/13 09:47] (当前版本) – [2,增加环、氢键统计功能] liu.jun | ||
---|---|---|---|
行 1: | 行 1: | ||
- | ======用python统计ReaxFF轨迹中的分子个数、特定的键的数目变化====== | + | ======用python统计ReaxFF轨迹中的分子个数、键、氢键、环的数目变化====== |
- | [[https://www.scm.com/ | + | =====1,统计化学键===== |
- | 该脚本只能分析AMS2023版的ReaxFF输出轨迹文件*.results/ | + | {{:adf:moleculestable.rar|Python脚本右键另存下载并解压}} |
+ | 该脚本适用于AMS2023.101以上的版本(注意轨迹文件也需要同版本)。 | ||
运行方式: | 运行方式: | ||
- | * AMSjobs → Help → Command-line → 打开命令行窗口输入sh回车(如果是Linux,本身就有命令行,直接打开命令行即可) | + | |
- | * 该脚本下载到某个文件夹,例如D:/ | + | * 该脚本下载到某作业所在文件夹,与作业的*.resutls/ |
- | * 在命令行输入:amspython | + | * 在命令行输入:amspython MoleculesTable-nPlots.py test.results/ams.rkf回车。稍后将产生分子数列表窗口,可以关闭: |
{{ : | {{ : | ||
行 14: | 行 15: | ||
- | 该脚本默认统计单、双、三键,如果需要统计方向键,则修改脚本中: | + | 该脚本默认统计单、双、三键,如果需要统计芳香键,则修改脚本中: |
<code python> | <code python> | ||
round_type = ' | round_type = ' | ||
行 24: | 行 25: | ||
round_type = ' | round_type = ' | ||
</ | </ | ||
+ | |||
+ | ====注意==== | ||
+ | - 如果体系比较大,模拟的帧数很多,那么分析过程也会很长,有可能如下类似如下提示:{{ : | ||
+ | - 如果数据量很大,那么在一张图里面体现所有的分子数量、键的数量,就不太可能了。可以修改脚本中nplots = 的值更大,这样将会在多张图中显示这些曲线,这个值即图的数量。 | ||
+ | - 最终会分别生成分子数量的*.txt文件与化学键数量的*.txt文件,用户也可以从这两个文件中的数据,自行作图。 | ||
+ | |||
+ | =====2,增加环、氢键统计功能===== | ||
+ | |||
+ | 该脚本适用于2023.104以后版本,**在原先脚本功能的基础上增加了**对环与氢键的统计。{{: | ||
+ | |||
+ | ams.rkf文件可以是旧的,但是分析的时候,软件必须是最新的,因为python分析的时候,调用了一个库,2023.104及其之前的版本里面没有。 | ||
+ | |||
+ | 开关: | ||
+ | < | ||
+ | switch = {' | ||
+ | </ | ||
+ | Ture表示开关打开,False表示关闭。 | ||
+ | |||
+ | 氢键的种类需要自己定义一下: | ||
+ | |||
+ | < | ||
+ | donor_list = [' | ||
+ | acceptor_list = [' | ||
+ | d_hb_cutoff = 3.0 | ||
+ | ang_hb_cutoff = 150.0 | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | 其中氢键表示为“D-H--A”,donor_list为“D”元素,acceptor_list为A元素,如果存在多种D、A可以在[]中列出,用逗号隔开,例如[' | ||
+ | |||
+ | 运行过程中出现“No artists with labels found to put in legend. |