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adf:qmmm2020 [2020/11/20 17:16] – [如何进行分区计算:QMMM、QUILD的使用] liu.jun | adf:qmmm2020 [2024/06/13 11:23] (当前版本) – [结果查看] liu.jun | ||
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- | ====== QMMM计算 ====== | + | ====== QMMM的基态计算 ====== |
本文使用AMS2020.101完成。 | 本文使用AMS2020.101完成。 | ||
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* Embedding:可以选择静电、力两种方式,代表MM区域对QM区域的作用方式,一般情况应该选择静电的方式 | * Embedding:可以选择静电、力两种方式,代表MM区域对QM区域的作用方式,一般情况应该选择静电的方式 | ||
* Use capping atoms:我们设定的QM区域是-CH2-CH2-实际是不饱和的,和MM区域有“键”存在,该选项是是对这种切掉的键,对QM、MM区域,在程序计算中,通过类似加氢饱和的算法进行处理。但是并不会在模型上真正加H,所以QM区域不会与MM区域断键。如果是例如乙醇分子(QM)、水分子(MM)这样的体系,彼此都是饱和的,那就折不设置这个选项,就没有影响 | * Use capping atoms:我们设定的QM区域是-CH2-CH2-实际是不饱和的,和MM区域有“键”存在,该选项是是对这种切掉的键,对QM、MM区域,在程序计算中,通过类似加氢饱和的算法进行处理。但是并不会在模型上真正加H,所以QM区域不会与MM区域断键。如果是例如乙醇分子(QM)、水分子(MM)这样的体系,彼此都是饱和的,那就折不设置这个选项,就没有影响 | ||
- | * QM的Region,选择分区为C2H4,该Region的计算引擎设定为ADF | + | * QM的Region,选择分区为C2H4,该Region的计算引擎设定为ADF,实际上也可以选择DFTB。如果是周期性体系,则可以选择BAND、DFTB。 |
* Not QM区域设定计算引擎为Force Field | * Not QM区域设定计算引擎为Force Field | ||
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- | 可以看到QM区域与MM区域仍然是连接在一起的(Capping的作用机制)。其他性质计算类似,但目前QMMM不支持激发态的计算。 | + | 可以看到QM区域与MM区域仍然是连接在一起的(Capping的作用机制)。其他性质计算类似。 |
- | AMS提供**免费试用**(一般为一个月),试用申请方式参考:[[adf: | + | AMS提供**免费试用**,试用申请方式参考:[[adf: |