这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版 | ||
adf:nci [2018/06/15 13:25] – [原理] liu.jun | adf:nci [2020/12/01 17:13] (当前版本) – 移除 liu.jun | ||
---|---|---|---|
行 1: | 行 1: | ||
- | ======非键作用NCI: | ||
- | =====原理===== | ||
- | RDG(Reduced Density Gradient):s = 1/ | ||
- | NCI用于识别非共价相互作用,例如范德华相互作用、氢键、空间位阻。NCI出现的区域具有三个特征:1)低电子密度;2)低RDG值;3)电子密度Hessian本征值中的第二个值$λ_2$为负值或者非常小的正值。 | ||
- | |||
- | 对于单个分子,密度较大的区域RDG较小,密度较小的区域RDG较大。对于二聚体,分子间有弱相互作用,在密度较小的区域,出现RDG值突然变得很小的异常位置。这些位置,实际上是由于分子间临界点(CPs,Critical Points)电子密度的湮灭所致(所以NCI一般出现在CP的位置)。这些位置就是NCI的位置。 | ||
- | |||
- | $∇^2ρ(r)$的符号,可用于确定作用类型,电子密度的二阶梯度有三个本征值:$λ_1$≤$λ_2$≤$λ_3$。在原子核区域三个本征值都是负值,因为电子密度处于局域极大值点;在共价键区域,有一个正本征值,两个负本征值,也就是:$λ_1$< | ||
- | |||
- | 而作用的强度可以由密度本身来表征:NCI区域密度越大,表示NCI作用越强。 | ||
- | |||
- | =====如何计算得到===== | ||
- | 在ADF模块的基本单点计算结果中,就可以生成NCI信息。生成方法:ADF LOGO > View > Add > Isosurface: Double(+/-) > Select Field > Properties > NCI SCF | ||
- | |||
- | 即可看到: | ||
- | |||
- | {{ : | ||
- | |||
- | 如果计算时增加设置:ADFinput > Properties > Other: Etot, | ||
- | |||
- | 则可以在View中点击Properties > AIM(Bader),看到CP与NCI的关系(NCI设置为透明:窗口底部的ISO surface: Double > Show Details > Opacity设置为20~50之间的数值即可,数值越小越透明): | ||
- | |||
- | {{ : | ||
- | |||
- | 其中红色小球是键临界点的位置,白色小球是原子的位置。可以看到这个二聚体的氢键临界点在NCI区域内 |