差别

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--- adf:mbh2020 [2022/10/10 16:40] – [如何只计算体系部分原子的频率] liu.jun
+++ adf:mbh2020 [2023/07/09 13:36] (当前版本) – [如何只计算体系部分原子的频率、相关的Gibbs自由能] liu.jun
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-====== 如何只计算体系部分原子的频率======
+====== 如何只计算部分原子的频率、相关的Gibbs自由能======
-**注意：本说明仅适用于AMS2020及其以后的版本**，之后的版本请参考：[[adf:mbh2019]]
+**注意：本说明仅适用于AMS2020及其以后的版本**，之前的版本请参考：[[adf:mbh2019]]
-ADF中的MBH功能计算频率时，可以设置某个区域冻结，计算其余原子的振动频谱。
+====注意！====
+频率的计算，是通过**计算该构型下**，能量对每个原子的二阶导数得到。很多人想象中，希望固定一些原子，使其不动，只计算一部分原子的振动，这只是一种错误、肤浅的感性的认知。
-注意：
+振动谱的计算，实际上并不计算运动状态，而是计算静止状态的力常数，因此根本谈不上什么“固定某些原子”，所有原子都是固定的！关心哪些原子的振动情况，就只计算这些原子的力常数（即，能量二阶梯度）。
+如果不理解为什么如此，应学习相关弹性力学知识。
+另外：
   * 被冻结的区域，原子个数大于3
   * 不能同时计算红外强度
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 {{ :adf:2020mbh02.png?600 |}}
-进入Frequencies的详细设置窗口，设置MBH。务必选择数值频率（也就是Analytical frequencies选择No）选择Region_1，Scan frequencies in range<color blue>不勾选</color>。
+进入Frequencies的详细设置窗口，设置MBH。务必选择数值频率（也就是Analytical frequencies选择No）选择Region_1，Scan frequencies in range<color blue>不勾选，AMS2023以后的版本Hessian选择Auto即可</color>。
 {{ :adf:2020mbh03.png?600 |}}
-设置为Nosym不考虑使用对称性。
-{{ :adf:2020mbh04.png?600 |}}
 保存并提交任务。
 =====结果查看=====
-点击ADF LOGO > Spectra:
+====振动谱====
+点击SCM > Spectra:
 {{ :adf:2020mbh05.png?600 |}}
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   * 最大的三个频率是选定分子的振动
   * 点击下方窗口的频率，上方窗口即可显示其振动模式（菜单栏Play > Open mode in AMSMovie，可以单独打开一个窗口显示动画过程，并可以导出动画，参考[[adf:如何用adfmovie保存动画]]）
+====Gibbs自由能====
+SCM → Output → Other Properties → Statistical Thermo Analysis，可以看到相关自由能信息<color light grey>（默认是 298.15K，1 atm大气压，如果需要更改温度压强，计算前应该在AMSinput → Properties → Thermodynamics中输入温度、压强）</color>，例如：
+<code>
+ Statistical Thermal Analysis  ***  ideal gas assumed  ***
+ Pressure:                  1.000000 atm.
+ Temperature:             298.150000 K
+ Moments of Inertia [amu*bohr^2] and principal axis
+ ==================================================
+.3691        108.0343        112.6403
+ ------------------------------------------------
+.8114          0.5107          0.2845
+          -0.5809          0.7584          0.2954
+.0649          0.4050         -0.9120
+ The rotational contribution to the molecular entropy includes
+ a term, dependent on the symmetry number sigma. The results
+ reported below were computed using sigma = 1, determined from
+ the point group symmetry of the input geometry (NOSYM).
+ If this is not the correct symmetry, try symmetrizing the molecule before
+ running the calculation (note: linear molecules should be aligned along one
+ of the Cartesian axes).
+ Contributions from frequencies below 20 1/cm are not included in vibrational sums.
+ Their contributions, if any, are reported separately.
+     Temp                                                        Transl      Rotat     Vibrat     Total
+     ----                                                        ------      -----     ------     -----
+.15   Entropy (cal/mol-K):                               36.674     19.473      0.495     56.642
+              Nuclear Internal Energy (kcal/mol):                 0.889      0.889     15.556     17.333
+              Constant Volume Heat Capacity (cal/mol-K):          2.981      2.981      1.461      7.422
+          (c) Constant Volume Heat Capacity (cal/mol-K):          2.981      2.981      1.461      7.422
+       Summary of energy terms
+                                                   hartree              eV         kcal/mol           kJ/mol
+                                      --------------------     -----------       ----------      -----------
+      Energy from Engine:               -0.881576364380499        -23.9889          -553.20         -2314.58
+      Nuclear Internal Energy:           0.027622317856585          0.7516            17.33            72.52
+  (c) Nuclear Internal Energy:           0.027621417359811          0.7516            17.33            72.52
+      Internal Energy U:                -0.853954046523914        -23.2373          -535.86         -2242.06
+      pV/n = RT:                         0.000944186013486          0.0257             0.59             2.48
+      Enthalpy H:                       -0.853009860510428        -23.2116          -535.27         -2239.58
+      -T*S:                             -0.026912637077881         -0.7323           -16.89           -70.66
+  (c) -T*S:                             -0.026912823599145         -0.7323           -16.89           -70.66
+      Gibbs free energy:                -0.879922497588308        -23.9439          -552.16         -2310.24
+</code>
+Gibbs自由能为 -552.16  kcal/mol

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