差别

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--- adf:linuxworkstation [2020/05/21 15:53] – [4，使环境变量生效] liu.jun
+++ adf:linuxworkstation [2024/12/18 21:09] (当前版本) – [第七步，修改图形界面的默认设置] liu.jun
@@ 行 1: / 行 1: @@
-======如果您希望在Linux工作站上安装AMS、获取机器码、申请锁定license、安装license======
+======单个Linux工作站：安装、获取机器码、申请锁定license、安装license======
-=====安装=====
+AMS软件本身并不区分正式版、试用版。对于试用版和正式版的区分，是在license文件，以及法律意义的授权协议上面。因此无论是试用版还是正式版，安装过程都是按照如下步骤(以2022.103版为例，其他版本类似)。
-AMS软件本身并不区分正式版、试用版。对于试用版和正式版的区分，是在license文件，以及法律意义的授权协议上面。因此无论是试用版还是正式版，安装过程都是按照如下步骤(以2019.101版为例，其他版本类似)：
-如下操作，在单个或多个工作站逐个执行：
+**不要在虚拟系统、子系统中安装，运行会不正常。**
+=====第一步，解压软件=====
-=====1，解压=====
+安装包上传到在目标文件夹，例如（/home/UserID，**本文用UserID指代具体用户名**），并中解压AMS安装包：
-如果是root用户：将安装包上传到在目标文件夹（例如/opt），并中解压AMS安装包：
-<code bash>
-cd /opt
-tar zxf ./adf2019.101.pc64_linux.platform_mpi.bin.tgz （当然不同的版本，这个文件名也不同）
-</code>
-这样会生成文件夹/opt/adf2019.101
-如果是普通用户：安装包上传到在目标文件夹，例如（/home/UserID），并中解压AMS安装包：
 <code bash>
 cd
-tar zxf ./adf2019.101.pc64_linux.platform_mpi.bin.tgz
+tar zxf ./ams2022.103.pc64_linux.intelmpi.bin.tgz
 </code>
-这样会生成文件夹/home/UserID/adf2019.101
+这样会生成文件夹/home/UserID/ams2022.103
+=====第二步，设置环境变量=====
+在解压生成的AMS2022.103目录内，有一个文件，名为amsbashrc.sh，里面包含了AMS所需的环境变量。用户需要酌情考虑是否在最后增加一行，将临时文件改存于作业当前目录：
-=====2，修改程序的权限=====
-确保ADF2019.101目录对用户具有读、执行权限，如果1,2步是root用户进行解压，则需要执行：
 <code bash>
-chmod 755 -R /opt/adf2019.101
+SCM_TMPDIR=$PWD
 </code>
-如果是普通用户，则跳过即可。
-=====3，设置环境变量=====
+  * SCM_TMPDIR所指向的这个目录（这里就是指/tmp）要注意经常清理，避免大量垃圾堆积；
-在解压生成的ADF2019.101目录内，有一个文件，名为adfbashrc.sh（旧版本叫做adfrc.sh，下文中adfbashrc.sh替换成adfrc.sh即可），里面包含了AMS所需的环境变量。里面仅有一项，用户需要酌情考虑是否更改
-<code bash>
+**如果是ReaxFF用户**，还建议增加一行：
-SCM_TMPDIR=/tmp
+<code>
+export OMP_NUM_THREADS=1
 </code>
+这个变量是控制OpenMP并行，这个变量用的好，可以提高效率，但是用的不好则会降低效率。如果不想用，则需要在环境变量中将其设置为1。对于高级用户，如果您想使用该变量，请参阅：[[adf:openmpinreaxff]]
-  * /tmp这个目录要注意经常清理，避免大量垃圾堆积；计算过程中从该目录读取数据的速度，对计算的效率有一定影响，但一般/tmp这个本机目录，速度是很快的；这个目录对AMS用户需要有读写权限。如果设置export SCM_TMPDIR=$PWD，那么临时文件将产生到提交任务的目录。
+=====第三步，使环境变量生效=====
-  * 用户可以更改/tmp为其他目录。
+普通用户可以在~/.bashrc文件的尾部，写入这两行：
-  * 如果是旧版用户，需要修改export ADFHOME=为实际值，也就是解压生成的adf201*.*的完整路径。
-=====4，使环境变量生效=====
-普通用户可以在~/.bashrc中写入如下两行：
 <code bash>
-source /opt/adf2019.101/adfbashrc.sh
+source ~/ams2022.103/amsbashrc.sh
 export SCM_OPENGL_SOFTWARE=1
 </code>
-命令行运行一次source /opt/adf2019.101/adfbashrc.sh，或者退出，重新登陆，环境变量即生效。
+重新登陆（或在命令行执行source ~/.bahsrc）即生效。
-如果是root用户安装，可以将这两行写入/etc/profile尾部，安装完毕，重启机器，普通用户就不需要设置环境变量了。
+=====第四步，获取机器码（用于申请license）=====
-=====5，获取机器码（用于申请license）=====
 在命令行执行命令：
@@ 行 59: / 行 45: @@
 即弹出AMS所需的**机器码**，将其文本拷贝下来。如果购买了多台工作站的license，在每台安装的工作站上都这样操作，获取机器码。
-=====6，提交机器码=====
+=====第五步，提交机器码=====
 提交机器码：由注册人邮箱将机器码发送给费米科技（ams@fermitech.com.cn或相关人员），用于license的申请。<color blue>邮件内容中请说明：单位、注册人、申请正式许可还是试用许可。</color>如果不是注册人本人提交，需要抄送给**注册人邮箱**。<color blue>一般提交机器码之后，1～3工作日内会把license发给您，如果3天仍然没有收到，您可以联系我们查询一下进度。</color>
-=====7，安装license=====
+<color blue>注册过正式许可的机器，请勿再次提交。</color>
+=====第六步，安装license=====
-用户收到license.txt文件之后，将该文件放置在ADF安装文件夹（如ADF2019.101）中，之后即可正常使用。安装过程中有任何问题，可以发邮件到ams@fermitech.com.cn，说明尽量全面的报错的信息，我们将提供有效的协助。
+用户收到license.txt文件之后，将该文件放置在AMS安装文件夹（如AMS2022.103）中，之后即可正常使用。安装过程中有任何问题，可以发邮件到ams@fermitech.com.cn，说明尽量全面的报错的信息，我们将提供有效的协助。
-=====修改图形界面的默认设置=====
+=====第七步，修改图形界面的默认设置=====
-图形界面的一些默认设置可能并不是我们想要的，例如背景色等。主要的几个可能修改的配置：
-  * 背景色改为纯白色：SCM LOGO > Preference > Colors > Colors：将Background color和Gradient background color均改为白色，这样背景色就成为白色了
-  * 立体视角（远小近大的显示方式）改为平行视角（远近一样大）：SCM LOGO > Preference > Options > Use perspective: No
+如果这台服务器需要用作图形显示，则可以进行如下设置，否则可以跳过。**如果这台机器有桌面，则在命令行输入amsjobs&回车即可打开图形界面。**图形界面的一些默认设置可能并不是我们想要的，例如背景色等。主要的几个可能修改的配置：
-  * 修改波函数等图形分辨率（这个必须修改，否则显示的波函数、静电势等等空间分布函数图不够细腻）：SCM LOGO > Preference > Module > ADFview > Grid: Fine
+  * 背景色改为纯白色：SCM LOGO > Preference > Colors > Colors：将Background color top和Background color buttom均改为白色，这样背景色就成为白色了
+  * 立体视角（远小近大的显示方式）改为平行视角（远近一样大）：SCM LOGO > Preference > Options > General > Use perspective: No
+  * 修改波函数等图形分辨率（这个必须修改，否则显示的波函数、静电势等等空间分布函数图不够细腻）：SCM LOGO > Preference > Module > AMSview > Grid: Fine
 用户还可以根据自己的使用习惯，在Preference窗口修改其他默认设置。这些设置是全局生效的，也就是说修改之后，以后打开的窗口都生效。另外，用户还可以SCM LOGO > Preference > Colors > Atom Colors 修改原子的颜色等等
+=====第八步，正确设置作业核心数，合理利用CPU资源（非常重要）=====
+初级用户，为了避免资源浪费，事半功倍，请务必花几分钟时间阅读：[[adf:desktop]]

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