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adf:kmczacros [2024/01/23 21:43] – [动力学蒙特卡洛kMC模拟] liu.jun | adf:kmczacros [2024/01/25 21:40] (当前版本) – [动力学蒙特卡洛kMC模拟] liu.jun | ||
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* Ravipati, S., Savva, G. D., Christidi, I.-A., Guichard, R., Nielsen, J., Réocreux, R., and Stamatakis, M. (2022). “Coupling the Time-Warp algorithm with the Graph-Theoretical Kinetic Monte Carlo framework for distributed simulations of heterogeneous catalysts”. Computer Physics Communications, | * Ravipati, S., Savva, G. D., Christidi, I.-A., Guichard, R., Nielsen, J., Réocreux, R., and Stamatakis, M. (2022). “Coupling the Time-Warp algorithm with the Graph-Theoretical Kinetic Monte Carlo framework for distributed simulations of heterogeneous catalysts”. Computer Physics Communications, | ||
- | 本教程中,我们将使用 Ziff-Gulari-Barshad 模型(改模型的介绍参考资料[[https:// | + | 本教程中,我们将使用 Ziff-Gulari-Barshad 模型(该模型的介绍参考资料[[https:// |
- | 本教程产生的作业文件:{{ : | + | 本教程产生的作业文件:{{ : |
**用户需要安装 Zacros-post 包:联网状态下,SCM → Package → 选中 Zacros post 点击 Install 安装。** | **用户需要安装 Zacros-post 包:联网状态下,SCM → Package → 选中 Zacros post 点击 Install 安装。** | ||
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晶格矢量可以具有自定义值,也可以根据需要,沿用 Preset 自带值。Repeats 可以在任何时候进行修改,所以使用 Preset 时没有必要去设定。如果使用的是完整的自定义晶格,则可以将其保持为1。 | 晶格矢量可以具有自定义值,也可以根据需要,沿用 Preset 自带值。Repeats 可以在任何时候进行修改,所以使用 Preset 时没有必要去设定。如果使用的是完整的自定义晶格,则可以将其保持为1。 | ||
- | 最后是关于位点 Site 的设置,Site types 和Sites 分别设定位点的标记符号,以及位点的分数坐标。例如: | + | 最后是关于位点 Site 的设置,Site types 和Sites 分别设定位点的标记符号,以及位点的相对于单胞的分数坐标。例如: |
{{ : | {{ : | ||
=====第四步:指定能量学模型 — Cluster===== | =====第四步:指定能量学模型 — Cluster===== | ||
- | Clusters 设置位于左侧面板的 Clusters 选项卡下面,以“图”的形式表示,可以通过从晶格中选择(鼠标左键可以多选,取消选择时只需在空白处点击即回到没有选择的状态)一个或多个相连接的位点来定义,这样可以确保“图”实际存在于晶格中,并立即提供“图”的可视化效果。**选中需要的位点后**,单击 + 添加新 Cluster: | + | Clusters 设置位于左侧面板的 Clusters 选项卡下面,以“图”的形式表示,可以通过从晶格中选择(鼠标左键可以多选,取消选择时只需在空白处点击即回到没有选择的状态)一个或多个相连接的位点来定义,这样可以确保“图”实际存在于晶格中,并立即提供“图”的可视化效果。**选中需要的位点后**,单击 + 添加新 Cluster,例如: |
{{ : | {{ : | ||
* Name:为该 Cluster 命名,建议避开中文字符。 | * Name:为该 Cluster 命名,建议避开中文字符。 | ||
行 83: | 行 83: | ||
我们将添加 3 个反应;两个吸附反应和一个氧化反应: | 我们将添加 3 个反应;两个吸附反应和一个氧化反应: | ||
- | {{ :adf:generalsettings05.png?300 }} | + | {{ :adf:generalsettings06.png?300 }} |
在 Zacros 中,反应机制设置位于 mechanism_input.dat 文件中,将生成 pyZacros ElementaryReaction。 | 在 Zacros 中,反应机制设置位于 mechanism_input.dat 文件中,将生成 pyZacros ElementaryReaction。 |