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adf:homolumo2020

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adf:homolumo2020 [2022/01/20 16:16] – [5，查看HOMO、LUMO] liu.junadf:homolumo2020 [2023/10/29 22:01] (当前版本) – liu.jun
行 1: 行 1:
-====== 单点计算、HOMO、LUMO、离子势IP、亲和能EA的计算======+====== 单点能计算、HOMO、LUMO、IP、EA的计算、分子轨道的成分======
 本文使用AMS2020.101完成计算。 本文使用AMS2020.101完成计算。
 =====1，建模===== =====1，建模=====
行 5: 行 5:
 导入优化好的分子（此处假定分子已经是优化好的结构，如果结构没有优化好，那么可以参考[[adf:geoopt2020]]） 导入优化好的分子（此处假定分子已经是优化好的结构，如果结构没有优化好，那么可以参考[[adf:geoopt2020]]）
  
-打开ADFjobs窗口，SCM - New Input打开新的Input窗口（Linux系统如果有桌面，那么在命令行输入ADFinput即打开Input窗口），File - Import Coordinates 可以读取xyz、mol等格式的坐标。+打开AMSjobs窗口，SCM - New Input打开新的Input窗口（Linux系统如果有桌面，那么在命令行输入AMSinput即打开Input窗口），File - Import Coordinates 可以读取xyz、mol等格式的坐标。
  
 =====2，参数设置===== =====2，参数设置=====
行 21: 行 21:
   * [[adf:pbsorlsf]]   * [[adf:pbsorlsf]]
  
-=====4，查看Bonding Energy=====+=====4，查看Bonding Energy、单点能=====
 在*.logfile尾部有Bonding Energy信息： 在*.logfile尾部有Bonding Energy信息：
 <code> <code>
行 39: 行 39:
 =====5，查看HOMO、LUMO===== =====5，查看HOMO、LUMO=====
  
-可以在Input窗口，SCM - levels，或者在ADFjobs窗口，选中该任务，SCM - levels，从而打开该任务的结果的能级图：+可以在Input窗口，SCM - levels，或者在AMSjobs窗口，选中该任务，SCM - levels，从而打开该任务的结果的能级图：
  
 {{ adf:2020homo-lumo07.png?650 }} {{ adf:2020homo-lumo07.png?650 }}
行 47: 行 47:
 {{ adf:2020homo-lumo08.png?650 }} {{ adf:2020homo-lumo08.png?650 }}
  
-鼠标停留在分子轨道的时候，可以定量的显示贡献的百分比。蓝线表示形成杂化形成分子轨道、共价键。+鼠标停留在分子轨道的时候，可以定量的显示轨道组分百分比。蓝线表示形成杂化形成分子轨道、共价键。
  
 {{ adf:2020homo-lumo09.png?600 }} {{ adf:2020homo-lumo09.png?600 }}
行 144: 行 144:
   * 第五列数据为能级能量值，单位为eV   * 第五列数据为能级能量值，单位为eV
  
 +=====电离势IP与亲和势EA=====
 +粗略的近似，HOMO、LUMO分别近似为IP、EA。更精确的计算，则：
  
-HOMO的能量对应的是IP（离子势），LUMO的能量对应的是EA（电子亲和能）+  * 垂直电离势：“失e前的优化结构，计算其失1e后的单点能” - “失e前的优化结构的单点能” 
 +  * 垂直电子亲和势：“得e前的优化结构的单点能” - “得e前的优化结构，计算其得1e后的单点能”  
 +  * 绝热电离势：“失e后优化结构后的单点能” - “失e前优化结构后的单点能” 
 +  * 绝热电子亲和势：“得e前优化结构后的单点能” - “得e后优化结构后的单点能” 
 + 
 +另外用户可以参考：[[adf:gwipea]] 
 + 
 +=====分子轨道组分分析===== 
 + 
 +SCM → Level第二列为分子轨道，鼠标放置在某个轨道上，可以显示轨道的组分权重，例如下图鼠标放在二重简并的 HOMO 轨道，显示： 
 + 
 +{{ :adf:molweight01.png?650 }} 
 + 
 +即这二重简并的两个轨道，编号分别为 9AA、2AAA，其中 9AA 能级为 -0.383416 Hatree，占据电子数为 2.0，主要成分为 O 原子的第 1 个 Px（也就是 2Px）轨道贡献 36.01%，另一个 O 原子的第 1 个 Px（也就是 2Px）轨道贡献35.98%，两个 O 原子的第 1 个 Py轨道分别贡献 12.15%、12.12%，C的第1个 D$_{x^2-y^2}$（也就是3D$_{x^2-y^2}$）贡献2.86%。 
 + 
 +（<color lightgrey>这里需要注意，轨道前面的数字，例如1P、1D是指第几个P、D轨道。如果 Frozen Core 设置为 None，则 1P、2P、3P…… 实际上分别指我们常说的 2P、3P、4P……，以此类推 1D、2D、3D……指 3D、4D、5D……。</color> 
 + 
 +<color lightgrey>如果使用了冻芯近似，检查冻芯的级别，例如某个元素的冻芯基组是将3P以内电子冻结，那么 1P 就是指 4P 轨道。怎么看冻芯基组冻芯到什么程度呢？如果我们不太熟悉，在使用冻芯近似的时候，可以分别为每个元素指定冻芯基组，（指定方式参考：[[adf:parameters2020]]），冻芯基函数位于：AMS2023.104\atomicdata\ADF这个文件夹内，例如下属的 TZP 里面有 Ag.3d 这个基函数，那么这个基函数指Ag元素3d及其以内的电子被冻结。</color>） 
 + 
 +这些数据，在Level图里面只列出了主要组分，详细组分在*.out文件中。SCM → Output → 窗口底部搜索 “List of selected MOs”： 
 +<code> 
 +List of selected MOs, ordered by energy, with the most significant SFO gross populations 
 + ======================================================================================== 
 + 
 + Each percentage contribution in the table below corres ponds to the indicated SFO. 
 + In general, a SFO may be a linear combination of several Fragment Orbitals on the same, 
 + or on symmetry-related Fragments. Only the first 'member' of such a combination is 
 + specified here. A full definition of all SFOs is given in an earlier part of the output. 
 + The numbering of the SFOs in this table does NOT include the Core Orbitals, and starts 
 + from one for each symmetry representation, as in the SFO definition list earlier. 
 + 
 +       E(eV)  Occ       MO           %     SFO (first member)   E(eV)  Occ   Fragment 
 + ------------------------------------------------------------------------------------- 
 + 
 +     -15.679  2.00     6 AA        20.69%     1 P:y            -9.818  1.33     1 O 
 +                                   20.68%     1 P:y            -9.818  1.33     2 O 
 +                                   15.18%     2 S             -26.457  2.00     1 O 
 +                                   15.18%     2 S             -26.457  2.00     2 O 
 +                                   11.59%     2 S             -15.357  2.00     3 C 
 +                                    6.98%     1 P:x            -9.818  1.33     2 O 
 +                                    6.97%     1 P:x            -9.818  1.33     1 O 
 +                                    3.15%     3 S              10.927  0.00     3 C 
 +     -14.480  2.00     7 AA        24.27%     1 P:y            -9.818  1.33     1 O 
 +                                   24.25%     1 P:y            -9.818  1.33     2 O 
 +                                   10.96%     2 S             -26.457  2.00     2 O 
 +                                   10.96%     2 S             -26.457  2.00     1 O 
 +                                    8.19%     1 P:x            -9.818  1.33     2 O 
 +                                    8.17%     1 P:x            -9.818  1.33     1 O 
 +                                    6.56%     2 P:y             5.205  0.00     3 C 
 +                                    2.21%     2 P:x             5.205  0.00     3 C 
 +                                    1.97%     1 P:y            -5.107  0.67     3 C 
 +     -14.273  2.00     8 AA        26.29%     1 P:x            -5.107  0.67     3 C 
 +                                   23.66%     1 P:x            -9.818  1.33     1 O 
 +                                   23.64%     1 P:x            -9.818  1.33     2 O 
 +                                    8.86%     1 P:y            -5.107  0.67     3 C 
 +                                    7.98%     1 P:y            -9.818  1.33     2 O 
 +                                    7.96%     1 P:y            -9.818  1.33     1 O 
 +     -14.270  2.00     1 AAA       35.16%     1 P:z            -5.107  0.67     3 C 
 +                                   31.62%     1 P:z            -9.818  1.33     1 O 
 +                                   31.62%     1 P:z            -9.818  1.33     2 O 
 +     -10.433  2.00     9 AA        36.01%     1 P:x            -9.818  1.33     1 O 
 +                                   35.98%     1 P:x            -9.818  1.33     2 O 
 +                                   12.15%     1 P:y            -9.818  1.33     2 O 
 +                                   12.12%     1 P:y            -9.818  1.33     1 O 
 +                                    2.86%     1 D:x2-y2        35.151  0.00     3 C 
 +     -10.430  2.00     2 AAA       48.13%     1 P:z            -9.818  1.33     2 O 
 +                                   48.13%     1 P:z            -9.818  1.33     1 O 
 +                                    2.84%     1 D:yz           35.151  0.00     3 C 
 +       0.450  0.00    10 AA        51.09%     1 P:x            -5.107  0.67     3 C 
 +                                   17.21%     1 P:y            -5.107  0.67     3 C 
 +                                   16.41%     1 P:x            -9.818  1.33     2 O 
 +                                   16.35%     1 P:x            -9.818  1.33     1 O 
 +                                    5.55%     1 P:y            -9.818  1.33     1 O 
 +                                    5.49%     1 P:y            -9.818  1.33     2 O 
 +                                   -4.00%     2 P:x            10.337  0.00     2 O 
 +                                   -3.97%     2 P:x            10.337  0.00     1 O 
 +                                   -2.37%     2 P:x             5.205  0.00     3 C 
 +                                   -1.36%     2 P:y            10.337  0.00     1 O 
 +                                   -1.33%     2 P:y            10.337  0.00     2 O 
 +       0.453  0.00     3 AAA       68.30%     1 P:z            -5.107  0.67     3 C 
 +                                   21.91%     1 P:z            -9.818  1.33     2 O 
 +                                   21.91%     1 P:z            -9.818  1.33     1 O 
 +                                   -5.33%     2 P:z            10.337  0.00     1 O 
 +                                   -5.33%     2 P:z            10.337  0.00     2 O 
 +                                   -3.18%     2 P:z             5.205  0.00     3 C 
 +       1.453  0.00    11 AA        92.25%     2 S             -15.357  2.00     3 C 
 +</code> 
 +这里同样列出了相同的数据。
  
 AMS软件提供**免费试用**，试用申请方式参见**：[[adf:trial|]]** AMS软件提供**免费试用**，试用申请方式参见**：[[adf:trial|]]**
adf/homolumo2020.1642666576.txt.gz · 最后更改: 2022/01/20 16:16 由 liu.jun

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