adf:fixpositionin2021

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--- adf:fixpositionin2021 [2021/07/09 21:53] – [具体操作] liu.jun
+++ adf:fixpositionin2021 [2023/06/24 10:03] (当前版本) – [具体操作] liu.jun
@@ 行 1: / 行 1: @@
-======AMS2021以后的版本，分子动力学模拟中如何固定部分原子======
+======分子动力学模拟，如何固定部分原子======
+=====AMS2019以及以前的版本=====
+常规MD模拟或者结构优化参数设置中，增加如下设置即可：
+选中需要固定的原子，Model → Geometry Constraints and PES Scan→ 点击 “Select atoms (fix position)”的➕
+=====AMS2021以后的版本=====
 以Si Slab与O2在1600K的模型为例，分子动力学模拟过程，我们固定中间两层Si原子。基本思想：选中要固定的原子，设置固定，然后将不固定的原子设置为一个region，然后在温度系综里面，为这些不固定的原子设置温度等条件。
-=====具体操作=====
+====具体操作====
 首先，选中需要固定的原子：
@@ 行 28: / 行 36: @@
 **注意这里修改了atom in region的设置，选择了不固定的那些原子。**
-如果是NPT系综，则还需要增加Barostat的设置（如果固定了原子，则这里恒压器算法只能选择Berendzen）：
+如果是NPT系综，则还需要增加Barostat的设置（如果固定了原子，则这里**恒压器算法只能选择Berendzen**）：
 {{ :adf:fixposition07.png?650 |}}

adf/fixpositionin2021.1625838803.txt.gz · 最后更改: 2021/07/09 21:53 由 liu.jun

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