这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版 | ||
adf:ets-nocv-hcn [2017/02/28 11:33] – liu.jun | adf:ets-nocv-hcn [2020/11/22 12:13] (当前版本) – 移除 liu.jun | ||
---|---|---|---|
行 1: | 行 1: | ||
- | ======ETS-NOCV计算:H-CN拆分为H、CN中性片段====== | ||
- | **1,优化反应物** | ||
- | |||
- | 创建分子、优化分子结构,从而得到H-CN的结构。如何建模、优化具体参考: | ||
- | * [[http:// | ||
- | * [[adf: | ||
- | * [[adf: | ||
- | * [[adf: | ||
- | * [[adf: | ||
- | * [[adf: | ||
- | |||
- | [[https:// | ||
- | * [[adf: | ||
- | |||
- | **2,对优化好的结构,提取出来,进行片段分析的计算:** | ||
- | * [[adf: | ||
- | |||
- | 参数设置如下(基组、泛函等参数选择可以参考:[[adf: | ||
- | |||
- | {{: | ||
- | |||
- | 创建片段,具体过程可以参考[[adf: | ||
- | |||
- | {{: | ||
- | |||
- | 设置其它参数: | ||
- | |||
- | {{: | ||
- | |||
- | {{: | ||
- | |||
- | {{: | ||
- | |||
- | 另外需要为C、N单独设置冻芯基组,设置方式参考:[[adf: | ||
- | |||
- | 因为本例中我们人为地将H片段设置为1个电子,自旋向上,CN13个电子,其中未配对电子自旋向下,因此在Details > User Input输入如下内容(格式需要注意): | ||
- | |||
- | FRAGOCCUPATIONS | ||
- | Region_1 | ||
- | A 1//0 | ||
- | SUBEND | ||
- | Region_2 | ||
- | A 4//5 | ||
- | SUBEND | ||
- | END | ||
- | 其含义,参考:[[adf: | ||
- | |||
- | {{: | ||
- | |||
- | File > save as,保存任务,例如文件名为ETS_NOCV_HCN,保存的时候,可能会弹出提示,本例中会分别提示: | ||
- | |||
- | {{ : | ||
- | |||
- | {{ : | ||
- | |||
- | 这是因为片段到电子是奇数个,而本例没有采用Unrestricted方法,关于Unrestricted、电子个数等概念,参考:[[adf: | ||
- | |||
- | 保存的时候,实际上生成了三个任务: | ||
- | |||
- | - ETS_NOCV_HCN | ||
- | - ETS_NOCV_HCN.Region_1 | ||
- | - ETS_NOCV_HCN.Region_2 | ||
- | |||
- | 在SCM Logo > ADFjobs,打开ADFjobs窗口可以看到这三个任务: | ||
- | |||
- | {{ : | ||
- | |||
- | 三个任务的参数(泛函、精度、基组等),默认情况下是自动保持一致的。片段的自旋多重度、电荷都默认,即可得到二重态,因此此例不必去修改片段计算任务ETS_NOCV_HCN.Region_1和ETS_NOCV_HCN.Region_2的参数。 | ||
- | |||
- | 在ADFjobs窗口选中ETS_NOCV_HCN,之后点击Jobs > Run提交任务; | ||
- | |||
- | 计算的过程中,片段的计算会有如下Warning出现在日志文件里面: | ||
- | |||
- | {{ : | ||
- | |||
- | 这是在提醒用户,当前使用了Restricted方法处理开壳层体系——而这本身正是我们希望的,所以这个Warning在本例中可以忽略。 | ||
- | |||
- | [[https:// | ||
- | |||
- | **3,结果查看与分析** | ||
- | |||
- | 查看结果的操作,参考:[[adf: | ||
- | |||
- | 这样得到了文献中Table 1中,H-CN(I-S)一列(也就是反应物的ETS-NOCV的能量数据),Radical fragments一栏的数据: | ||
- | |||
- | {{ : | ||
- | |||
- | 也就是中性片段的总的轨道作用能、Pauli作用、静电作用。这里采用ADF2016版进行计算,结果略有差别: | ||
- | |||
- | SCM Logo > Output > Properties > Bonding Energy Decomposition: | ||
- | |||
- | {{ : | ||
- | |||
- | 四个红色框中分别是Pauli作用能(ΔE< | ||
- | |||
- | 其中ΔE< | ||
- | |||
- | Table 1中的ΔE< | ||
- | |||
- | 计算结果与文献略有差异: | ||
- | * 文献中ΔE< | ||
- | * 文献中ΔE< | ||
- | * 文献中ΔE< | ||
- | * ΔE< | ||
- | |||
- | 这里不演示ΔE< | ||
- | |||
- | 第i对NOCV轨道,对应着[[adf: | ||
- | |||
- | {{ : | ||
- | |||
- | 我们计算得到的out文件中可以直接看到该值: | ||
- | |||
- | SCM Logo > Output > Properties > ETS-NOCV(需要往下拉一些): | ||
- | |||
- | {{ : | ||
- | |||
- | 可以看到: | ||
- | |||
- | NOCV eigenvalues: | ||
- | |||
- | 这其实对应着: | ||
- | - alpha,本征值ν< | ||
- | - beta,本征值ν< | ||
- | |||
- | <color blue> | ||
- | |||
- | **那么接下来我们查看第1对NOCV对片段结合成为分子,引起的电子密度形变的贡献:** | ||
- | |||
- | 为了使得显示的图更圆润,我们先设置一下图像质量:SCM Logo > Preference > Module > ADFview > Grid > Fine。 | ||
- | |||
- | 之后,查看第1对NOCV对形变密度的贡献:SCM Logo > View > View > Background > White (将背景改为白色),然后计算第1对NOCV对形变密度的贡献: | ||
- | |||
- | **首先,计算该形变密度:** | ||
- | |||
- | View > Calculated,之后在窗口下方: | ||
- | |||
- | {{ : | ||
- | |||
- | * 第一个红色框:计算出来的Δρ< | ||
- | * 第二、三个红色框:因为我们选择的是open shell的ETS-NOCV分析,所以会产生alpha和beta两种“NOCV对”,每种“NOCV对”会产生一个Δρ< | ||
- | |||
- | {{ : | ||
- | |||
- | 实际上能够和我们上面说的对应起来。只不过该公式没有区分alpha和beta。 | ||
- | |||
- | **其次,查看形变密度Δρ< | ||
- | |||
- | Add > Isosurface: Double(+/ | ||
- | |||
- | {{ : | ||
- | |||
- | 这个图,实际上就是文献中Fig.2b的H-CN: | ||
- | |||
- | {{ : |