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adf:diffussionofthanol [2019/01/29 22:50] – liu.jun | adf:diffussionofthanol [2021/10/26 15:04] (当前版本) – liu.jun | ||
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行 3: | 行 3: | ||
=====前言===== | =====前言===== | ||
分子动力学计算扩散系数,结果与分子动力学该次模拟分子运动轨迹相关。扩散系数计算所依据的理论,参考:Journal of Chemical Information and Modeling 2011 51 (8), | 分子动力学计算扩散系数,结果与分子动力学该次模拟分子运动轨迹相关。扩散系数计算所依据的理论,参考:Journal of Chemical Information and Modeling 2011 51 (8), | ||
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+ | 版本:2019.1*及其之前的版本。 | ||
=====参数设置===== | =====参数设置===== | ||
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下面这个参数没有特别的作用,只是为了减少无用的临时文件输出。 | 下面这个参数没有特别的作用,只是为了减少无用的临时文件输出。 | ||
- | {{ :adf:diffusion01.png?650 }} | + | {{ :adf:diffusion02.png?650 }} |
与一般的分子动力学模拟过程唯一不同的,是需要在模型创建完毕,参数设置完毕之后,在*.run文件中,手动加入一个参数。在*.run文件中找到参数iout3,在它的下面插入一行(1 itrout),这一段看起来是这样的: | 与一般的分子动力学模拟过程唯一不同的,是需要在模型创建完毕,参数设置完毕之后,在*.run文件中,手动加入一个参数。在*.run文件中找到参数iout3,在它的下面插入一行(1 itrout),这一段看起来是这样的: | ||
行 64: | 行 66: | ||
Which molecule should be observed (C3H8O=1, H2O=2)? | Which molecule should be observed (C3H8O=1, H2O=2)? | ||
- | Enter the resolution (=depth) for this MSD (in time steps): | + | Enter the resolution (=depth) for this MSD (in time steps): |
默认回车。 | 默认回车。 |