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adf:dftmd-adf [2019/12/07 16:07] – liu.jun | adf:dftmd-adf [2020/11/24 12:57] (当前版本) – 移除 liu.jun | ||
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- | ======如何进行无周期性约束的DFT分子动力学模拟====== | ||
- | 此处以简单案例进行说明: | ||
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- | 说明: | ||
- | * 昨天的体系是没有周期性边界的,周围是无限大真空 | ||
- | * 任务类型Task选择为Molecular Dynamics,点击后面的> | ||
- | * 泛函选择计算量较小、精度较高的泛函,因此可以选择GGA,这里选择了GGA:BP86 | ||
- | * 基组可以选择DZ基组,对分子动力学而言已经可以了,这里选择了精度更高的DZP基组 | ||
- | * 其他参数默认即可 | ||
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- | 说明: | ||
- | * Number of Steps,设定分子动力学的步数,乘以步长time step,得到总的模拟时长 | ||
- | * Sample Frequency,设定轨迹文件的采样频率,这里设置为5,表示每5步,记录一次轨迹,这是为了快速看到动画,所以设置的很小,真正的实际模拟,设置为50就可以了 | ||
- | * 如果系综是NVT系综,则点击Thermostat后面的> | ||
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- | 说明: | ||
- | * 点击+增加一个MD的阶段设置 | ||
- | * 这里有两种NVT系综算法,一种是Berendsen,一种是NHC,这里两个阶段都选用了前者第一个阶段是1万步,第二个阶段9万步,温度分别为300、500K | ||
- | * Damping constant是为了增加体系的随机性,分子动力学开始的一段时间内,温度剧烈震荡,这个可以设置为5~50fs均可 | ||
- | * Atoms in region选择All,表示该设置对所有原子都生效 |