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adf:creatsurfaceofliquid [2019/12/10 16:13] – liu.jun | adf:creatsurfaceofliquid [2024/02/05 12:33] (当前版本) – liu.jun | ||
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- | =====创建均匀混合物====== | + | =====【入门基础教程】创建均匀混合物====== |
- | 打开ADFinput,切换到ReaxFF模块: | + | 打开AMSinput,根据需要切换到ReaxFF或DFTB、BAND模块,检查周期性Periodicity设置为Bulk: |
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* 点击Edit > Builder,设置Cell的尺寸(如下图所示则为30*30*30立方埃的一个立方盒子,当然尺寸可以根据自己的需要随意修改,但修改的时候要注意这影响着浓度、密度,更详细的说明,可以参考[[adf: | * 点击Edit > Builder,设置Cell的尺寸(如下图所示则为30*30*30立方埃的一个立方盒子,当然尺寸可以根据自己的需要随意修改,但修改的时候要注意这影响着浓度、密度,更详细的说明,可以参考[[adf: | ||
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- | 点击“Generate Molecules”,这样上面设置的两种分子就会产生到左边的窗口,如下图所示: | + | * 点击“Generate Molecules”,这样上面设置的两种分子就会产生到左边的窗口,如下图所示: |
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- | **补充说明:** | + | * **补充说明:** |
- | 如果输入的分子式,软件自带的库里面没有,那么就需要自己创建*.xyz文件,创建分子参考[[https:// | + | 如果输入的分子式,软件自带的库里面没有,那么就需要自己创建*.xyz文件,建模的操作,参考:[[adf:buildmodel|AMS软件建模教程]];创建完毕之后,在Input窗口点击菜单栏File > Export Coordinates,如此将该分子结构保存成某个名字为*.xyz的文件。要记住保存的位置,便于后面导入分子的时候,找到这个分子的xyz文件。 |
导入*.xyz文件的方式:点击如下窗口所示的按钮之后,选中前面保存的*.xyz文件即可。 | 导入*.xyz文件的方式:点击如下窗口所示的按钮之后,选中前面保存的*.xyz文件即可。 | ||
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- | Generate Molecules得到二者的均匀混合物: | + | * Generate Molecules得到二者的均匀混合物: |
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- | 注意,由于ReaxFF没有考虑重力,所以,无法区分气体与液体,一律以超临界状态呈现。 | + | * 注意,由于ReaxFF没有考虑重力,所以,无法区分气体与液体,一律以超临界状态呈现。 |
+ | * 如果要将某个分子,位置平移到盒子的中心,可以如下操作:选中该分子的一个原子,CTRL m选中整个分子,菜单栏Edit - Set Origin,即可。 |