这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
后一修订版 | 前一修订版 | ||
adf:buildpolymer [2016/05/18 16:04] – 创建 liu.jun | adf:buildpolymer [2019/12/09 11:22] (当前版本) – liu.jun | ||
---|---|---|---|
行 1: | 行 1: | ||
======聚合物的建模====== | ======聚合物的建模====== | ||
+ | =====创建模型===== | ||
+ | 以下以聚乙烯为例说明,使用AMS2019.301完成。 | ||
- | [[http:// | + | 第一步:先创建两个单体,并使用MOPAC简单优化: |
- | 视频教程的补充说明: | + | {{ : |
- | 范例中,使用dftb,不断缩短lattice,不优化lattice的条件下优化聚合物,这一步中,如果固定需要等价原子(在本例中是氧原子),效率更高,可靠性也更好。 | + | 第二步:选中两个单体中的等价原子,从而测量聚合物重复单元的长度,例如本例,长度为252.3pm=2.523埃: |
- | 在得到较为可靠的结构之后,可以释放对氧原子的固定、释放对lattice的限制,让体系处于不受外力限制的状态下进行优化。 | + | {{ : |
- | MOPAC模块固定原子的操作:details-Geometry optimization。在左边窗口选中需要固定的原子,然后在右边窗口的Freeze atoms点击“+”,则将左边选中的原子固定(选中原子后,点击“-”是取消该选中原子的固定) | + | 并将该方向设置为x轴:Edit - Align - With X-Axes,View - Axes可以查看坐标轴 |
- | DFTB模块固定原子的操作:Model-Geometry Constraints。在左边窗口选中需要固定的原子,然后在右边窗口的Freeze selected atoms点击“+”。“-”号表示取消固定。 | + | 第三步:删掉其他原子,只保留一个重复单元,并切换到DFTB、MOPAC,需要设置Main - Periodicity:Chain |
+ | |||
+ | {{ : | ||
+ | |||
+ | 第四步:修改晶格常数为2.523,菜单栏Bonds | ||
+ | |||
+ | {{ : | ||
+ | |||
+ | 初步模型就创建好了。 | ||
+ | |||
+ | =====优化模型===== | ||
+ | DFTB模块、MOAPC均可以优化,不过DFTB需要选择参数,MOPAC默认参数就可以。本例单胞太小,因此需要做超胞,这里只做二倍的超胞(Edit - Crystal - Generate Super Cell - 默认是2倍因此直接点OK) | ||
+ | |||
+ | {{ : | ||
+ | |||
+ | {{ : | ||
+ | |||
+ | 保存任务,运行结束后,即可得到优化后的结构: | ||
+ | |||
+ | {{ : |