adf:atomstooclose
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| adf:atomstooclose [2017/09/21 10:40] – 创建 liu.jun | adf:atomstooclose [2024/01/21 23:10] (当前版本) – [情况二：MD一定步数后，出现该报错] liu.jun | ||
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| 行 1: | 行 1: | ||
| - | ======logfile报错：ERROR DETECTED: | + | ======*.logfile报错：ERROR DETECTED: |
| - | =====报错原因===== | + | =====情况一：一开始没有进行任何MD计算，就出现该报错===== |
| - | 有原子之间距离过近。用户应检查两个方面：1）边界原子是不是和下一个周期的原子靠太近？2）是不是有原子重叠了？ | + | 生成的.out文件中（或*.results中的临时文件）会告知具体哪些原子距离太近，可以根据编号去检查。主要来源是两个方面： |
| + | - 边界原子是不是和下一个周期的原子靠太近？ | ||
| + | - 是不是有原子重叠了？ | ||
| - | 其中第二种情况，检查的办法很简单：选中一个原子，然后按ctrl m，可以看到和它连接的原子被选中了，然后把这些原子拖离原位一点点（微微偏离原位即可），就可以看到这些原子是不是有重叠的状况。 | + | 其中 |
| + | * 第一种情况，检查的方法是点击窗口底部的四个圈按钮，切换到显示多个周期，看看是否有原子重叠 | ||
| + | * 第二种情况，检查的办法很简单：选中一个原子，把这个原子拖离原位一点点（微微偏离原位即可），就可以看到这些原子是不是有重叠的状况。如果建模的时候就已经重叠了，那可以考虑建模之后，用UFF力场先优化一下，因为UFF力场优化过程不改变键级。 | ||
| + | =====情况二：MD一定步数后，出现该报错===== | ||
| + | 修改模拟条件，避免该偶然事件（原子剧烈碰撞导致原子距离过近）：修改分子个数、模拟条件如温度等。另外可以参考建议：[[adf: | ||
| + | |||
| + | **如果体系温度很高，例如4000K甚至10000K，步长设置需要比0.25fs小**，否则会导致原子在1个step，就运动到与另一个原子相近的地方，而没有及时更新受力情况，从而导致atoms too close的情况。 | ||
| + | ====检查atoms too close原因==== | ||
| + | 为了更清楚的知道出现atoms too close的原因，我们可以检查一下动画。在*.out尾部会有具体报错信息，展示是哪两个原子出现了这种情况，例如： | ||
| + | |||
| + | < | ||
| + | | ||
| + | | ||
| + | atoms=119 441, cell shift= | ||
| + | </ | ||
| + | 表示此刻119号原子和441号原子靠得太近，距离只有0.25294957埃。 | ||
| + | |||
| + | 在AMSinput → Model → Coordinates中，我们找到这个原子 | ||
| + | {{ : | ||
| + | 然后在Movie的第一帧中，找到对应的原子，并在View → Atom info → Name → Show勾选，显示该原子： | ||
| + | {{ : | ||
| + | |||
| + | 然后从Movie的最后一帧，一帧一帧倒着看，就可以发现原因了。 | ||
adf/atomstooclose.1505961614.txt.gz · 最后更改: 2017/09/21 10:40 由 liu.jun