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adf:applenp [2022/03/22 19:22] – [前言] liu.jun | adf:applenp [2024/08/10 12:10] (当前版本) – liu.jun | ||
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- | ======Apple&P:离子体系的分子动力学模拟====== | + | ======分子动力学:离子体系专用力场Apple& |
- | =====前言===== | + | |
- | Apple& | + | |
+ | * [[adf: | ||
- | 离子液体阴阳离子可以从{{http:// | ||
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- | 注意:Apple & P目前有一定的适用范围,对不适合的体系,可能出现静电力将分子撕裂的情况。 | ||
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- | 本文参考资料:https:// | ||
- | =====建模与参数设置===== | ||
- | 这里略过了弛豫或结构优化。用户自行弛豫或优化即可。 | ||
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- | 用户可以下载[emim]< | ||
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- | AMSinput → 切换到ForceField模块,Periodic改为Bulk,Type改为Apple& | ||
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- | {{ : | ||
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- | Edit → Builder设置适当的Cell尺寸,并分别导入离子对140个与CO< | ||
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- | {{ : | ||
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- | 用户此处也可以分别导入阴离子、阳离子各自的xyz文件,Generate生成混合物后,Close关闭Builder窗口。回到Main窗口,点击Apple& | ||
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- | {{ : | ||
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- | 然后设置MD的基本参数: | ||
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- | {{ : | ||
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- | 注意: | ||
- | * Number of steps,总的步数 | ||
- | * Time step,对于没有化学反应的情况,0.5 fs或1.0 fs步长都是可以的 | ||
- | * Sample frequency,保存轨迹的频率,此处数值越小轨迹文件将越大 | ||
- | * Shake:bonds X X,表示放弃AMSinput产生的对键的定义和限制,采用Apple& | ||
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- | 分别点击Thermostat和Barostat,以设置恒温器、恒压器: | ||
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- | {{ : | ||
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- | 其中damping constant是MD开始的一个期间,体系本有的温度、压强剧烈震荡期间,该值一般对模拟结果没有明显影响。 | ||
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- | 保存作业,并提交作业。 | ||
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- | =====结果分析===== | ||
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- | 运行完毕,SCM → Movie可以得到轨迹动画。MD Properties中有一些常用的分子动力学分析工具,例如Molecules列出分子种类与个数: | ||
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- | {{ : | ||
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- | Autocorrelation Function可以用于扩散系数、均方位移、径向分布函数、粘度等,具体可以参考[[adf: | ||
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- | =====其他===== | ||
- | 关于分子动力学的其他更灵活设置,例如温度、压强的变化控制,不同区域设置不同温度,热导率、温度沿轴向的分布曲线等等,都可以参考[[adf: |